Cytoscape Plataforma de software de bioinformática de código abierto para visualizar redes de interacción molecular y vías biológicas
Descargar ahora

Cytoscape Clasificación y resumen

Cytoscape Etiquetas

visualizar visualizador visualizar la molécula Visualizador de red de interacción visualización de genes red de interacción

Cytoscape Descripción

Plataforma de software de bioinformática de código abierto para visualizar redes de interacción molecular y vías biológicas Cytoscape es una plataforma de software de bioinformática de código abierto para visualizar redes de interacción molecular y vías biológicas e integrar estas redes con anotaciones, perfiles de expresión génica y otros datos estatales. Aunque el citoscape fue diseñado originalmente para la investigación biológica, ahora es una plataforma general para el análisis de red complejo. y visualización. La distribución de cytoscape Core proporciona un conjunto básico de características para la integración y visualización de datos. Las características adicionales están disponibles como complementos. Los complementos están disponibles para los análisis de la red y el perfilado molecular, el soporte de formato de archivo adicional, la secuencia de comandos, los nuevos diseños y la conexión con las bases de datos. Se puede desarrollar la API de CYTOSCAPE APIER API en función de la tecnología de Java y la comunidad de plugin. Aquí hay algunas características clave de "cytoscape": Apoya muchos estándares: · CYTOSCAPE admite muchos formatos de archivo estándar de red y anotación, que incluyen: SIF (formato de interacción simple), GML, XGMML, BIPAX, PSI-MI, SBML, OBO y asociación de genes. Los archivos de texto delimitados y el libro de trabajo de MS Excel también se admiten y puede importar archivos de datos, como perfiles de expresión o anotaciones, generadas por otras aplicaciones o programas de hoja de cálculo. Usando esta función, puede cargar y guardar atributos arbitrarios en nodos, bordes y redes. Por ejemplo, ingrese un conjunto de términos de anotación personalizados para sus proteínas, cree un conjunto de valores de confianza para sus interacciones proteínas-proteínas. Clientes del servicio web: · CYTOSCAPE trabaja como cliente de servicio web. Esto significa que CYTOSCAPE puede conectarse directamente a las bases de datos públicas externas y las importaciones de datos de red y anotación. Actualmente, se admiten el gen, intacto, Biomart, NCBI Entrez Gene y PICR. Y continuamos desarrollando nuevos clientes de servicio para bases de datos populares. Interoperabilidad: · Dado que CYTOSCAPE admite formatos de archivos estándar de importación / exportación, puede colocar fácilmente citoscape en su flujo de trabajo. Por ejemplo, si tiene datos de red generados por IGRAPH o Bioconductor, CYTOSCAPE puede cargar el archivo como una tabla de texto y puede exportarlo en formato PSI-MI para otras herramientas de bioinformática o sus propios programas / scripts. Archivo de sesión: · Puede guardar su trabajo por un solo clic. Todas las configuraciones, los archivos de datos y las visualizaciones se envasan en un archivo de sesión. Se llama archivo de sesiones citoscape (.cys). El archivo de sesión de citoscape incluye redes, atributos (para nodo / borde / red), estados de escritorio (nodos y bordes seleccionados / nodos ocultos, tamaños de ventanas), propiedades, algunos estados de plugin y estilos visuales. Requisitos: · Java SE 5 o posterior

Cytoscape Software relacionado