Dawgpaws asiste a un grupo de trabajo de anotación distribuida (DAWG) en la anotación de secuencias de contads de tamaño BAC
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Dawgpaws Descripción

Asiste a un grupo de trabajo de anotación distribuida (DAWG) en la anotación de secuencias de contads de tamaño de BAC DaWGPAWS es un conjunto de programas de línea de comandos escritos en Perl que aceleran la anotación de genes y elementos transponibles en los genomas de la planta al automatizar el proceso de ejecución de programas de anotación y facilitando la curación de anotación de evidencia combinada. Incluye que este conjunto de software se escribió inicialmente para anotar el trigo de muestreo aleatorio Los BACS, se refiere como un gasoducto para anotar las secos de trigo (PAWS). Aunque estos programas se han diseñado inicialmente para el trigo, los scripts también se pueden aplicar fácilmente a casi cualquier canalización de anotación de secuencia eucariota. Los scripts en esta suite están diseñados para facilitar la generación de alto rendimiento de los resultados computacionales para la anotación de genes y la anotación de elementos transposibles utilizando un Número de programas de anotación de secuencia existentes. Estos resultados se convierten de la salida nativa de los programas de anotación individuales al formato de archivo GFF estándar. Dado que un archivo GFF es un archivo de texto de la pestaña simple, múltiples resultados de computación para una sola secuencia se puede concatenar fácilmente utilizando herramientas de maninapulación de texto estándar, como gato; Prueba de que los gatos y dawgs pueden jugar bien juntos. DaWGPAWS proporciona herramientas adicionales para facilitar el uso de la herramienta de curación de anotación del genoma de Apollo para la visualización y la curación de los resultados de la computación. Aquí hay algunas características clave de "DawgPlaws": · Manipulación de archivos FASTA para preparar secuencias para la tubería de anotación. · Anotación de huecos en los ensamblajes de secuencia. · Ejecutando AB Initio Gene Anotation y programas de anotación de elementos transposibles en una tubería de alto rendimiento · Blast Pipeline Adecuado para su uso en un marco de computación de clústeres · Conversión de salida del software de anotación al formato común del archivo GFF · Conversión de archivos GFF al formato Game.xml · La ayuda está disponible en todos los programas de línea de comandos utilizando indicadores de línea de comandos. Ayuda a la información y los archivos manuales completos todavía están en desarrollo para algunos programas · Las páginas manuales para los programas individuales están disponibles en el sitio web de DAWGPAWS y están incluidos en la descarga de Release-1.0 de la suite DAWGPAWS.

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