DomainFinder Un programa interactivo para la determinación y la caracterización de los dominios dinámicos en proteínas
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DomainFinder Clasificación y resumen

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DomainFinder Descripción

Un programa interactivo para la determinación y caracterización de los dominios dinámicos en proteínas. DomainFinder es un programa interactivo para analizar los movimientos colectivos en proteínas grandes, ya sea al comparar dos estructuras experimentales, o aplicando una técnica de modo normal eficiente a una sola estructura. Las proteínas de hasta unos pocos miles de residuos pueden tratarse en una computadora de escritorio en unos pocos minutos. Los dominios dinámicos son un concepto importante en la descripción de la dinámica de proteínas. Un dominio dinámico es una región en una proteína que puede moverse esencialmente como un cuerpo rígido en relación con otras regiones. Muchos, pero no todos, las proteínas tienen dominios dinámicos, y si lo hacen, los movimientos relativos de los dominios generalmente están relacionados con la función de la proteína. Por lo tanto, la identificación de dominios dinámicos es útil para comprender la función de la proteína. Sin embargo, hay otras situaciones en las que el conocimiento de los dominios dinámicos es útil. En la determinación de la estructura, DomainFinder puede ayudar a uno a predecir fácilmente si la complejación con un embalaje de cristal, ligando u otras influencias externas puede llevar a cambios de conformidad importantes. En ingeniería de proteínas, puede indicar si es probable que una modificación dada cambie el comportamiento dinámico de la proteína. En observaciones experimentales de movimiento de proteínas, puede sugerir regiones de particular interés. En simulaciones numéricas, puede señalar los movimientos lentos cuyo muestreo correcto debe ser verificado. Tomainfinder se escribe en Python, un lenguaje de programación de objetos de alto nivel que se adapta particularmente a las demandas de los cálculos científicos. Las partes críticas por velocidad se implementan en C. Para las operaciones comunes, hace uso del kit de herramientas de modelado molecular, una biblioteca de código Python para aplicaciones de modelado y simulación moleculares. Los resultados de un análisis de dominio se pueden guardar con todos los detalles en un archivo de datos MMTK, que permite todo tipo de análisis adicionales. Aquí hay algunas características clave de "DomainFinder": · Eficiencia computacional: incluso las proteínas grandes se pueden analizar utilizando una computadora de escritorio en unos minutos · Facilidad de uso: una interfaz de usuario gráfica de última generación · Exportación de resultados para visualización y análisis adicional (Formato de objeto VRML, PDB y MMTK)

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