Edición de la ruta de bibliosfera BIBLIOSPER PATHWAY EDITION: ofrece una combinación única de la literatura-minería y el análisis de la vía para los biólogos moleculares
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BIBLIOSPER PATHWAY Edición: ofrece una combinación única de literatura-minería y análisis de vía para los biólogos moleculares Bibliosfera ofrece una combinación única de la literatura-minería y el análisis de la vía para los biólogos moleculares interesados ​​en la regulación de los genes y las redes biológicas.bibliosfera utiliza una base de datos integral de relaciones individualmente modeladas entre genes, proteínas, complejos, células y tejidos junto con texto actualizado Técnicas de minería para la extracción de conocimientos automatizados para permitirle vincular sus datos a redes biológicas en diferentes contextos biológicos. Estos resultados de la función bibliosfera se incluyen de varias líneas de evidencia que se incluyen en su base de datos. Aquí hay algunas características clave del "Kit de análisis de bibliosfera": · Extienda las redes biológicas más allá de la información de la vía canónica (metabólica y regulatoria) · Combine su alto rendimiento, conocimiento y análisis basados ​​en genómicos · Realice un análisis de vía regulatoria sensible al contexto · Generar variantes de vías específicas del experimento · Vídeo de vínculos a los mecanismos de enlace a los mecanismos de enfermedades y los genes · avanzados Diseño experimental · Bibliosfera pathwayedition o ffers un concepto único debido a ... · Integración de las bases de datos de literatura, genómica, interacción, camino, y red-bases de datos · Relaciones de genes genéticos basados ​​en análisis actualizados de literatura · Clasificaciones de ontología múltiple · Datos curados de expertos sobre Regulación de genes · Asignación de genes a rutas (reguladoras y metabólicas) · Red sofisticados y algoritmos de diseño 3D · Algoritmos para encontrar vías óptimas (algoritmos de ruta más cortos) · Enlaces a diversos recursos de conocimiento (por ejemplo, Ir, Malla, BindreRements: · Java 1.5.0_06 o superior. · Conexión a Internet · 512 MB Memoria principal Novedades en esta versión: · Filtro de texto libre: le permite restringir la red a genes que se citan en la literatura junto con un término definido por el usuario · Filtro de co-citación: le permite restringir la red de acuerdo con · Reglas sintácticas de co-citas, · Número de co-citas, · Grado de interconexión entre genes. Filtro biológico: le permite restringir la red a genes que se asignan a la misma clase biológica. Las clases están definidas por: · Ontología de genes · Función molecular · Función biológica · Componente celular · Términos de malla · Productos químicos y drogas. · Anatomía · Enfermedad · Ciencias Biologicas · Técnicas analíticas, diagnósticas y terapéuticas y tejidos de equipos. · Filtro único para reguladores de genes (factores de transcripción de genes de entrada) se verificó automáticamente en el nivel de secuencia. · Bibliosfera Pathwayedition proporciona un análisis estadístico de todas las redes visibles hacia las clases genéticas superpresoradas y sustebradas El análisis estadístico se calcula mediante la puntuación Z. . · La construcción de la red / camino de la ruta de la bibliosfera es dinámica y puramente impulsada por los datos. · Otros sistemas calculan a priori redes con máx. 35 nodos, dejándote en la oscuridad sobre cómo se derivaron esas redes.

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