Foca SE-AL - Solicitud de creación de alineaciones de secuencias múltiples de secuencias de nucleótidos y aminoácidos
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SE-AL - Solicitud de creación de múltiples alineaciones de secuencia de secuencias de nucleótidos y aminoácidos SE-AL es una aplicación para crear múltiples alineaciones de secuencia de secuencias de nucleótidos y aminoácidos. Actualmente no realiza ninguna alineación automática, sino que está destinada a la producción de alineaciones manuales y para preparar la entrada para programas de alineación, como programas de reconstrucción clustal y filogenia, como PhyPIP y PAUP.SE-AL, es particularmente útil para manipular el ADN de codificación de proteínas / Secuencias de ARN. Aquí hay algunas características clave de "SEA": · La importación y exportación de secuencias en un rango de formatos comúnmente utilizados. En este momento, se admiten los formatos planos Nexus, Phylip, Mega, NBRF, FASTA, GDE y GDE. Algunos de estos formatos no son confiables porque el formato no está bien definido o no podría ser molestado. Envíeme un correo electrónico con los archivos que no pueden importar. · Para las secuencias de nucleótidos de los genes de codificación de proteínas, el usuario puede cambiar libremente entre tres MODO: nucleótidos: edite la alineación a nivel de bases individuales, codones: edite la alineación de los codones en cualquier marco de lectura , y la traducción: edite la alineación de los aminoácidos inferidos traducidos utilizando varios códigos genéticos (la edición realizada en este modo se realiza en realidad a las secuencias de nucleótidos originales que permiten la alineación de los aminoácidos, sino la exportación de la alineación final como nucleótido). Cambiar los marcos de lectura, la inversión y la complementación se pueden hacer de forma independiente a cualquier secuencia y deshecho. · Las alineaciones se pueden editar seleccionando un bloque de secuencias y deslizándolo en relación con las otras secuencias. Las brechas se abrirán detrás del bloque. Estos cambios se pueden deshacer. · Las secuencias y sus etiquetas se pueden editar en una ventana separada. Las secuencias crudas también se pueden pegar desde otras fuentes (como archivos de texto GenBank y correo electrónico) a esta ventana. Los espacios, formación y caracteres que no sean secuencias (por ejemplo, números) se eliminan automáticamente. · Se puede mostrar una secuencia de consenso por encima de la alineación. · Las alineaciones se guardan en un formato binario que permite la apertura rápida y la conservación de las transformaciones (es decir, las marcas de lectura, la complementación o traducción) que se han utilizado. · Cortar, copiar y pegar secuencias completas o secciones de alineación dentro y entre documentos de alineación. Copie y pegue entre SE-AL y otras aplicaciones en formato Nexus. · Arrastrar y soltar secuencias, alineaciones y regiones entre Windows o a otras aplicaciones en formato Nexus. · Búsqueda de motivos o región similares a una secuencia dada (muy primitiva en este momento ).

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