GNW Herramienta Java para generar realistas en los puntos de referencia de Silico para algoritmos de red genética
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Herramienta Java para generar realistas en los puntos de referencia de Silico para algoritmos de red genética GeneNetweaver (GNW) es una herramienta de Java fácil de usar para generar realistas en los puntos de referencia de Silico para algoritmos de ingeniería inversa de la red de genes. GNW se usó para generar el Dream3 en los desafíos de Silico. Es bien sabido que el rendimiento de los métodos de ingeniería inversa puede ser muy sensible al tipo de estructura de red en la que se aplican (por ejemplo, un método puede desempeñarse bien en las redes ERDÖS-RÉNY y fallar en redes libres de escala). Por lo tanto, para una comparación justa de los métodos, es crucial que las redes de referencia tengan una estructura realista. En lugar de usar modelos de gráficos aleatorios, que se sabe que solo capturan parcialmente las propiedades estructurales de las redes biológicas, generamos estructuras de red mediante la extracción de módulos. Redes de interacción biológica. En ref. Después de generar estructuras de red realistas, la siguiente pregunta es cómo generar datos realistas de estas redes utilizando modelos dinámicos adecuados. En el anterior en los puntos de referencia de Silico (por ejemplo, Mendes et al.), Se utilizaron modelos fenomenológicos relativamente simples para este propósito. Requisitos: · Java

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