Herramientas SAM Un formato genérico flexible para almacenar la alineación de la secuencia de nucleótidos
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Herramientas SAM Descripción

Un formato genérico flexible para almacenar la alineación de la secuencia de nucleótidos. SAM (alineación de la secuencia / mapa) es un formato genérico flexible para almacenar la alineación de la secuencia de nucleótidos. Sam Tools proporciona servicios públicos eficientes para manipular alineaciones en formato SAM. Aquí hay algunas características clave de "Sam Tools": · Es lo suficientemente flexible como para almacenar toda la información de alineación generada por varios programas de alineación; · Es lo suficientemente simple como para ser fácilmente generados por programas de alineación o convertidos de formatos de alineación existentes; · Es compacto en tamaño de archivo; · Permite la mayoría de las operaciones en la alineación para trabajar en una corriente sin cargar toda la alineación en la memoria; · Permite que el archivo sea indexado por la posición genómica para recuperar de manera eficiente todas las lecturas alineadas a un lugar. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Samtools es más consistente con la especificación: a) '*' en el · El campo Qual está permitido; b) El separador de campo es solo la pestaña y el espacio. · Se trata como un personaje en un campo; c) Se permite el encabezado vacío. · Implementado el soporte GLFV3 en PILEUT. · Se corrigió un error grave en el compañero fijo: la información de la cadena es errónea · Sobrescrito. · Se corrigió un error en la recuperación de alineación: alineaciones de alineación N * 16384BP son · No se recupera correctamente a veces. · Se corrigió un error en RMDUP: SEGFAULT si no están presentes leídas. · Mueva indel_filter.pl a SamTools.pl y mejoró el filtrado por · Comprobación del número real de alineaciones que contienen INDELES. El indil · La línea de pile también se cambia un poco para facilitar esta filtración. · Se corrigió un error menor en la indexación: el número de contenedores de una lectura no impulsada es · Calculado erróneamente. · Comando 'Flagstat' agregado para mostrar estadísticas en el campo de la bandera. · Mejora de la persona que llama INDEL configurando el tamaño máximo de la ventana en local · Realinement. Cambios en otras utilidades: · Se corrigió un error en MAQ2SAM: un nombre de etiqueta está obsoleto. · Mejora a WGSIM: a) Soporte agregado para la simulación de lectura sólida; · B) Muestra el número de sustituciones / INDELS / ERRORES en el nombre de lectura; · C) Limpieza de código considerable. · Varios convertidores: funcionalidad mejorada en general. · Actualizado el ejemplo SAM debido al error anterior en FixMate.

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