Jalinero El algoritmo de Smith-Waterman implementado en Java para alineación de secuencia local biológica de pares locales
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Jalinero Descripción

El algoritmo de Smith-Waterman implementado en Java para la alineación de secuencias de pares locales biológicas Jaligner es una implementación de Java de código abierto del algoritmo de Smith-Waterman con la mejora de GOHOH para la alineación de la secuencia de pares locales biológicas utilizando el modelo de penalty de brecha afín. Aquí hay algunas características clave de "Jaligner": · La complejidad del espacio para realizar la programación dinámica con las puntuaciones de similitud principales Matrix y los 2 matrices de huecos auxiliares se reducen de O (M? N) a O (n), donde M y N son los tamaños de la secuencia vertical y la secuencia horizontal. Respectivamente, al usar suficientes matrices unidimensionales de tamaño N en lugar de las matrices originales bidimensionales de tamaño M? · La matriz bidimensional de tamaño M? N, para sujetar las direcciones de rastreo (diagonal, izquierda, arriba y detener), se trazó en una matriz de tamaño un solo dimensión de tamaño M? Este enfoque acelera el proceso de asignación de memoria porque la máquina virtual Java (JVM) intenta asignar una matriz unidimensional de M? N "bytes" (tipo de datos primitivos), en lugar de intentar asignar una matriz de m "objetos" , cada uno de los cuales es una "matriz" de n bytes. · Además de los 70 matrices de puntuación ya incluidas, que se han recogido del sitio de NCBI, Jaligner también funcionará con matrices de puntuación definidas por el usuario. · Es fácil usar Jaligner a través de una amigable interfaz de usuario gráfica (GUI), sintaxis de línea de comandos simple o interfaz de aplicación de programación reutilizable (API).

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