Jalvista Un editor de alineación múltiple gratuito escrito en Java
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vista ha podido recuperar editar editor de alineación espectador de proteínas Secuencia Fetcher

Jalvista Descripción

Un editor de alineación múltiple gratuito escrito en Java Jalview es una herramienta de código abierto que se usa ampliamente en una variedad de páginas web (por ejemplo, el servidor EBI Clustalw y la base de datos de dominios de la proteína PFAM), pero está disponible como editor de alineación de propósito general. Aquí hay algunas características clave de "Jalview": Interfaz de usuario: · Resaltado vinculado de codón y aminoácido de productos de traducción y proteínas. · Resaltado vinculado de la estructura asociada con el mapeo de residuos a la posición de codón · Secuencia Fetcher proporciona números de adhesión de ejemplo y botón 'Borrar' · MemorityMonitor agregó como opción en el menú Herramientas de escritorio · Extrae la función de puntuación para analizar los datos numéricos separados en Whitespace en la línea de descripción · Las etiquetas de columna en la anotación de alineación se pueden centrar. · TIP SITION PARA LA NOTRACIÓN DE LA SECUENCIA ASOCIADA DAR NOMBRE DE SECUENCIA Servicios web y URL Fetching: · Jpred3 Servicio web · Cliente de búsqueda de secuencias de prototipos (sin servicios públicos disponibles todavía) · Obtén la alineación de semillas o la alineación completa de PFAM · Enlaces de URL creados para coincidir las referencias cruzadas de la base de datos, así como la ID de secuencia · Los enlaces de URL se pueden crear utilizando expresiones regulares. Conectividad de la base de datos de secuencia: · Recuperación de secuencias de referencia cruzada de otras bases de datos · Recuperación de referencia generalizada de bases de datos y validación a todas las bases de datos para Fetable · Búsqueda de secuencias de fuentes DAS que soportan el comando de secuencia · Importar y exportar la anotación de exportación Filas como CSV para la importación de hoja de cálculo · Los proyectos de Jalview registran asociaciones de conjunto de datos de alineación, productos EMBL y asignaciones de secuencia de ADNc. · El color del grupo de secuencia se puede especificar en el archivo de anotación · Coloración ad-hoc del grupo en el archivo de anotación utilizando el triplete RGB como nombre de Colourscheme · Capacidades del cliente VAMSAS (experimental) · Encuadernación de Treenode para Vamsas Tree Exchange · Edición y actualización local de secuencias en Vamsas Alineamientos (Experimental) · Crear nueva o seleccionar la sesión existente para unirse · Carga y ahorro de documentos VAMSAS. Línea de comando de la aplicación: · Parámetro de árbol para abrir árboles (introducido para pasar del applet) · Fetchfrom Command Line Argument para especificar apodos de servidores DAS a la consulta para las características de alineación · Argumento de línea de comandos Dasserver para agregar nuevos servidores que también se consultan automáticamente para las características · El argumento de la línea de comandos Groovy ejecuta un guión groovy dado después de que todos los datos de entrada se han cargado y analizado Intercambio de datos de aplicaciones de applet: · Los árboles pasaron como parámetros del applet se pueden pasar a la aplicación (cuando se usa "Ver en la aplicación completa") Parámetros del applet: · Parámetro de control de pantalla de grupo de características · Parámetro de depuración · Parámetro de ShowButton Métodos API de applet: · NewView Método Público · Ventana (vista actual) Específico Obtener / establecer métodos públicos · Métodos de control de pantalla. · Obtener lista de secuencias actualmente seleccionadas Nuevas características de distribución de Jalview: · Installán instalado actualizado a IA 2008 VP1 · El archivo de liberación proporciona propiedades de construcción para la última versión de Jalview. \ · Construir destino para generar la distribución de la fuente. · Bandera de depuración para Javacc · .Jalview_properties archivo está documentado (ligeramente) en jalview.bin.cache · Integración de compilación continua para la versión estable y de desarrollo de la aplicación, Requisitos: · Java

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