Kegg2sbml puede convertir archivos de base de datos de PATHWAY KEGG a SBML
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Kegg2sbml Clasificación y resumen

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Kegg2sbml Descripción

La utilidad de la línea de comandos puede convertir archivos de base de datos de Pathway Keegg a SBML KEGG2SBML puede convertir archivos de base de datos de PATHWAY DE KEYG (enciclopedia de genes y genomas de Kyoto) a SBML utilizando la base de datos de Ligand KEGG. Las capacidades de Kegg2SBML están actualmente limitadas para convertir solo los archivos de la ruta metabólica KEGG y no otros tipos de archivos KEGG. Kegg2SBML puede convertir la versión 46.0 de la base de datos de KEEGG PATHWAY. (Las versiones anteriores de la base de datos de la ruta de Kegg no se han probado y pueden no ser convertidas por Kegg2SBML.) KEGG2SBML puede generar SBML Nivel 2 versión 2 y Nivel 2 versión 3 sin anotaciones utilizadas por CellDesigner y Nivel 1 y Nivel 2 (versión 1), con O sin anotaciones. Nota: kegg2sbml tiene licencia y se distribuye según los términos de la Biblioteca GNU o la Licencia Pública General (LGPL) menor. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: Cambios en el análisis de la ruta de KEGG: · Se puede convertir la versión de Database 46.0 o posterior. (Los lanzamientos anteriores de la base de datos de la ruta KEGG pueden no ser convertidos por KEGG2SBML versión 1.5.0). · Se admite otro archivo de formato (*. Cocoord) · También se admite el archivo de formato existente (* .conf). -O opción puede usarse para usar explícitamente este formato. · * El archivo .COORD está analizado en lugar del archivo * .conf de forma predeterminada Cambios en el análisis de Ligand KEGG: · Mejora del rendimiento Al almacenar una tabla de hash para almacenar en caché y leer estos archivos de caché en lugar de analizar los archivos de base de datos de Lignad (aproximadamente 10 veces más rápido para analizar la base de datos de LIGAND) Cambios en la escritura SBML: · SBML Nivel 2 Versión 2 y Nivel 2 Versión 3 son compatibles. (Actualmente, las etiquetas de anotación de CellDesigner no son compatibles con estos niveles / versión SBML.) Opciones añadidas: · '-R': Archivos de base de datos de Ligand en lugar de leer archivos de caché binarios ubicados en el mismo directorio. (Predeterminado: Lea los archivos de caché (* .bin)) · '-O': Parsonf Archivos en lugar de *. Cocoord Los archivos cuando se proporciona un nombre de directorio como un argumento o una opción. (Predeterminado: Parse *. Cocoord archivos) · KGML ya no se usa a partir de esta versión. · Otras mejoras menores y arreglos.

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