Macclade MacClade - Un software diseñado para el análisis filogenético.
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MacClade: un software diseñado para el análisis filogenético. MacClade es un programa informático para el análisis filogenético escrito por David Maddison y Wayne Maddison. Su fuerza analítica está en estudios de carácter Evolution.Macclade también tiene herramientas para producir diagramas y gráficos de árboles ingresando y editando datos y filogenías. Aquí hay algunas características clave de "MacCrade": Datos de edición · Hay muchos cambios en el Editor de datos de MacClade, Incluyendo muchos modos de visualización nuevos y herramientas de edición. Algunos de estos son generales, pero la mayoría están diseñados para su uso con datos de secuencia molecular. Aquí mencionaremos algunos de estos. Discutir en los datos · Hay muchas opciones sobre cómo se pueden mostrar los datos. Aquí hay dos ejemplos. · Puede pedirle a MacClade que coloree las celdas de datos para que los patrones de variación del estado sean más evidentes. · Con los datos de nucleótidos de codificación de proteínas, puede pedir que MacClade muestre la traducción de aminoácidos. Esta traducción es "VIVA", en el sentido que cambia a los nucleótidos, por ejemplo, mediante el uso de las herramientas de alineación (consulte la sección de la siguiente sección), cause actualizaciones inmediatas a los aminoácidos que se muestran en el editor · En MacClade 3, hay Solo una herramienta disponible en el editor: la flecha. MacClade 4 tiene una paleta de herramientas, con 17 secuencias de herramientas de herramientas · MacClade 4 puede calcular y mostrar secuencias de consenso. Hay varias opciones para el cálculo, lo que permite que uno muestre secuencias de consenso de rigurosidad variable. · Listar Windows y la selección y manipulación de objetos · En MacClade 3, hay una ventana de estado de caracteres que enumera los caracteres y sus diversas propiedades. Esta es la ventana en la que puede cambiar los pesos y los tipos de carácter. En MacClade 4, la ventana de la lista de caracteres se ha mejorado mucho, y ahora también hay ventanas equivalentes para taxones, árboles, conjuntos de peso, conjuntos de tipo, conjuntos de inclusión, conjuntos de caracteres y conjuntos de taxones. En estas ventanas, puede cambiar el nombre, reordenar, eliminar y modificar estos objetos. Independientes con PAUP · Hay una serie de características agregadas a MacClade 4 para mejorar las interacciones entre PaUP y MacClade. Aquí hay tres ejemplos: Nexus Block Management · Ahora puede manipular varios bloques Nexus contenidos en el archivo de datos, incluidos los bloques PAUP. Esto permite que uno edite los comandos que PAUP se procesará cuando ejecute los archivos File.Constraint · Puede pedirle a MacClade que guarde el árbol en la pantalla como un árbol de restricción. Si hace esto, guarde el archivo en MacClade y luego vuelva a ejecutarlo en PAUP *, la restricción estará disponible para su uso con los comandos de búsqueda y filtración de PAPUPS.Dese índice · Mientras MacClade 4 no calcula los índices de descomposición (valores de soporte de Bremer ) En sí, creará un archivo PAUP que contenga los comandos de texto necesarios para calcular los valores del índice de descomposición de todos los Clades en el árbol en la ventana del árbol de MacClade. Si ejecuta este archivo en PAUP, PAUP realizará todas las búsquedas relevantes para calcular los índices de decadencia. Limitaciones: · Guardar deshabilitado qué hay de nuevo en esta versión: · Mostrar número de incertidumbres o polimorfismos en la ventana Lista de taxones.

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