Descarga gratuita de Molegro Virtual Docker , descarga de Molegro Virtual Docker descarga de software

Una plataforma integrada para predecir las interacciones de proteínas - ligando. Molegro Virtual Docker es una plataforma integrada para predecir las interacciones de proteínas - ligando. Molegro Virtual Docker maneja todos los aspectos del proceso de acoplamiento a partir de la preparación de las moléculas a la determinación de los sitios de unión potencial de la proteína objetivo, y la predicción de los modos de unión de los ligands.molegro Docker virtual proporciona al usuario un acoplamiento de alta calidad basado en Una nueva técnica de optimización combinada con una experiencia de interfaz de usuario que se centra en la productividad y la usabilidad. Se ha demostrado que el Docker Virtual (MVD) de Molegro produce una precisión de acoplamiento más alta que otros productos de acoplamiento de última generación (MVD: 87%, Glide: 82%, Surflex: 75%, FLEXX: 58%). Nota: Para descargar la aplicación, debe solicitar una prueba gratuita y guardar la clave de licencia de prueba. Aquí hay algunas características clave de "Molegro Virtual Docker": Importación y preparación de la molécula: · Es fácil importar y preparar moléculas. · Los archivos de estructura molecular se analizan en componentes relevantes (ligandos, cofactores, moléculas de agua y proteínas) y se pueden preparar automáticamente. · Las advertencias y errores de análisis se muestran en una jerarquía conveniente. · El detector de cavidades incorporado identifica las ubicaciones de vinculación prometedoras, lo que hace posible restringir el espacio de búsqueda a las regiones más interesantes. · Un asistente de protonación le permite identificar rápidamente los objetivos de protonación potenciales (por ejemplo, residuos de histidina) y cambiar su estado de protonación rápidamente utilizando un menú contextual. Unión cósmica: El proceso de acoplamiento se gestiona a través del asistente de acoplamiento. El asistente le permite: · Seleccione qué estructuras incluir en la simulación. · Elija la región de enlace potencial (MVD mostrará automáticamente los posibles bolsillos de unión). · Configure las propiedades de la búsqueda de algoritmos y configure el registro de agrupaciones y datos. · Gestionar restricciones adicionales. · Inspeccione las advertencias sobre los preparativos improbables y la información estructural faltante (por ejemplo, residuos desconocidos). Análisis: · El organizador POSE le permite navegar por las poses devueltas por el motor de acoplamiento. Es capaz de cargar poses de una carrera de acoplamiento dinámicamente, lo que hace posible navegar por miles de ligandos. · Es posible inspeccionar los diversos términos e interacciones de energía y también es posible calcular las medidas de afinidad más avanzadas y vinculantes. Los enlaces de hidrógeno y las interacciones electrostáticas se actualizan dinámicamente al cambiar entre poses. Visualización de secuencia y estructura: · El visor de secuencias le permite identificar y seleccionar rápidamente los residuos en una proteína. · La visualización de dibujos animados destaca las diferentes regiones de la estructura secundaria. Restricciones: · Varias restricciones hace posible alterar el panorama de la energía (por ejemplo, recompensando a ciertas regiones del espacio de búsqueda) o para forzar o evitar que ocurran ciertas interacciones. · Las restricciones se pueden definir en función de las propiedades químicas (por ejemplo, los aceptores de enlaces de hidrógeno o los átomos de anillos) o los átomos individuales se pueden especificar para cada ligando. Analizador de datos: · El analizador de datos en MVD puede crear modelos de regresión (ya sea redes neuronales o regresión lineal múltiple), extraer medidas estadísticas y visualizar datos. · Predecir las propiedades numéricas de los compuestos atracados de las carreras de acoplamiento MVD. Los modelos creados por el usuario se pueden aplicar directamente en el organizador de pose. · Cree modelos de regresión utilizando descriptores numéricos importados (por ejemplo, del software de terceros). · Selección de características para encontrar los descriptores relevantes. · Complemento de transformación de datos algebraica para manipular descriptores o crear descriptores derivados. · Parcelas 1D (histogramas), parcelas 2D (parcelas X-Y) y parcelas 3D. · Varias medidas estadísticas. Flexibilidad de Sidechain: · En MVD, la flexibilidad de Sidechain se implementa suavizando el potencial durante el acoplamiento (aumentando la tolerancia de los potenciales del PLP o al debilitar las interacciones seleccionadas de Sidechains), acoplando un conjunto diverso de poses y, finalmente, optimizando las configuraciones de Sidechain. También es posible minimizar manualmente una estructura del receptor. · Una vez que se haya completado la simulación de acoplamiento, las poses encontradas se pueden inspeccionar simultáneamente con su conformación de receptor correspondiente directamente en el organizador de pose. Docking de plantilla: MVD hace posible acoplar ligandos contra plantillas de acoplamiento. Similar a los farmacóforos, las plantillas se basan de las propiedades químicas relevantes (como las capacidades de carga e hidrógeno) y pueden generarse automáticamente de una o más conformaciones de ligando. Las plantillas se pueden utilizar de varias maneras: · Para alinear de manera flexible una cantidad de ligandos (y determinar una puntuación para su similitud). · Enfocar o guiar la simulación de acoplamiento combinando la puntuación de similitud de la plantilla con una función de puntuación de acoplamiento basada en receptor. · Para extraer una puntuación de similitud de grano fino desde cada punto de plantilla y crear un modelo de regresión utilizando el analizador de datos (QSAR 3D). Otras características: · Se ejecuta en Mac (PowerPC e Intel), Linux (32 bits y 64 bits) y máquinas de Windows. · Sistema macro extensible y personalizable con editor incorporado. · Superficies moleculares personalizables y representación troncal. · Generador de biomoléculos para archivos PDB que contienen información de transformación de simetría. · Etiquetado de texto avanzado para varias propiedades moleculares. · Ayuda en línea y cheque automático de actualizaciones. · MVD se puede verificar utilizando su propio idioma de scripting o por lenguajes de scripting externos (se incluye una envoltura de Python). · Pose modificador para modificar manualmente poses. Limitaciones: · Período de prueba de 30 días. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Una implementación de la función de puntuación de las plantas, disponible tanto en una cuadrícula como en una versión no de red. · Un nuevo algoritmo de búsqueda de acoplamiento, iteró a simplex, con una estrategia de muestreo adaptable opcional basada en el algoritmo de optimización de la colonia de hormigas. · Grid virtual de Molegro. Una nueva infraestructura para distribuir correas de acoplamiento. · Un nuevo raytrador incorporado que hace posible crear gráficos de calidad de publicación. · Mejoras menores de la interfaz de usuario y correcciones de errores (consulte las notas de la versión para obtener más información).

Molegro Virtual Docker Software relacionado