Molekel Una aplicación de visualización molecular de código abierto y de código abierto para su Mac
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Molekel Descripción

Una aplicación de visualización molecular libre y de código abierto para tu Mac Molekel es un código abierto, fácil de usar y programa gratuito de visualización molecular multiplataforma. Aquí están algunas características clave de "Molekel": · Leer datos moleculares de diferentes formatos de archivo · Moléculas de presentación con diferentes estilos: Spacefill, bola y el palo, la bola y alambre, Stick, Backbone (residuos), la cinta (residuos), Esquema (residuos) · Cambio átomo y enlace tamaño · Leer colores átomo de archivo · Display momento dipolar (para formatos moleculares que contienen esta información) · Animar átomos utilizando la información de trayectoria y la vibración disponible en algunos formatos de archivo · Animar moléculas leen de archivos PDB y XYZ multi-frame · Flechas pantalla para mostrar la velocidad y dirección de movimiento de cada átomo animada · Superficies moleculares Animar (al exportar amimation) · Realizar la distancia y (diedro) cálculos angulares · Utilizar una sonda plana para visualizar campos escalares (por ejemplo electrostática potencial) y visualizar el valor del campo escalar en un punto específico en el espacio 3D. · Iso-superficies orbital Visualize molecular opcionalmente un código de colores con electrostática potencial. · Visualizar superficies generadas a partir de matriz de densidad opcionalmente un código de colores con electrostática potencial. · Visualizar superficies a partir de datos de cuadrícula (en formato cubo gaussiana o leer desde archivos ADF tape41) opcionalmente un código de colores con electrostática potencial. · Superficies lisas generados a partir de datos de cuadrícula (.cube Gaussian) con suavizado Laplaciano · Use datos de cuadrícula leen de archivos .cube como potencial electrostático molecular para mapear sobre las superficies SAS y SES · Compute Disolvente superficie accesible como opcionalmente iso-superficie un código de colores con electrostática potencial. · Calcular y mostrar Disolvente Superficie Excluidos, utilizando opcionalmente M.F. programa de MSMS de Sanner (muy recomendable), lo consigue aquí · Exportación molécula a un número de formatos de archivo moleculares · Exportar a POV (Experimental, a través de openbabel) · Exportación a TIFF, PNG, PDF y PostScript · Shaders programables de soporte (GLSL) · Visualización de los espectros de radiación (infra-rojo y Raman) · Multi-paso-alta calidad de representación con anti-aliasing y correcta representación de superficies transparentes de varias capas · La mezcla de modos vibracionales ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Añadido soporte para la profundidad de pelado para una correcta representación de objetos transparentes; requiere una tarjeta OpenGL 2.0 y podría no funcionar correctamente en algunos sistemas. parámetros de profundidad peeling que afectan a la velocidad de renderizado / calidad de los objetos transparentes se pueden configurar a través del diálogo Pantalla-> Propiedades de la vista. · Añadido parcela de espectros infrarrojo y Raman con PostScript y PDF · Integrado con VTK 5.1 (cvs versión ya que no hay lanzamiento oficial aún) · Se ha añadido soporte para anti-aliasing, desactivado por defecto; se puede activar a través del diálogo Pantalla-> Propiedades de la vista. · Ahora es posible cambiar la transparencia y colores de superficies orbitales. · Se ha añadido soporte para la configuración de diálogo persistentes en la densidad superficial de electrones. · Se han añadido nuevos shaders de rayos X que funciona correctamente con VTK 5.1. Errores arreglados: · 392 - Agregar soporte para la entrada Gamess múltiples molécula · 401 - No se puede eliminar la superficie Connolly · 403 - Línea de comando · 404 - error de lectura MOLDEN datos orbital molecular · 405 - La transparencia no es consistente tanto para los colores orbitales (dependiente de la tarjeta / controlador específico) · 406 - carreras de animación después de eliminar la molécula · 408 - Solicitud de funciones: Índice inicial orbital de cero · 420 - Los ajustes no se guardan cuando se cierra la ventana · 421 - superficie de la cuadrícula de datos: Tiempo transcurrido informe equivocado · 422 - No se puede guardar animaciones con SES transparentes

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