Oprimos Un marco de código abierto para la espectrometría de masas
Descargar ahora

Oprimos Clasificación y resumen

Oprimos Etiquetas

gestionar estructura Marco de espectrometría Gestión de datos LC / MS Análisis de datos LC / MS espectrometría

Oprimos Descripción

Un marco de código abierto para la espectrometría de masas OpenMS es una biblioteca de C ++ software libre y de código abierto que le ayudará en la gestión de datos de LC / MS y análisis. OpenMS ofrece una infraestructura para el desarrollo de la espectrometría de masas software.OpenMS relacionados cubre una amplia gama de funcionalidades que son necesarias para el desarrollo de software cuando se trata de análisis de alto rendimiento de datos relacionados con la espectrometría de separación de proteínas y de masas. Procesamiento de señal: · alto rendimiento análisis de proteínas mediante espectrometría de masas requiere un procesamiento de señal eficiente que reduce la cantidad de datos con una pérdida mínima de información. Picos que ser detectado y características importantes como su posición centroide pico, la altura y el área que ser determinado. · Para pico de cosecha, se propone un esquema basado en wavelets para el tratamiento de los datos de espectrometría de masas que es capaz de hacer frente las dificultades planteadas por las aplicaciones de la proteómica. · a menudo varios pasos de preprocesamiento se aplican a los datos en bruto antes de la cosecha máxima real. OpenMS también es compatible con la reducción de la línea de base y filtro de ruido de datos en bruto. Característica Hallazgo: · Después de la primera reducción de datos por el pico de cosecha, nuestro enfoque es reducir la cantidad de datos aún más · Esto se realiza mediante la determinación de todos los picos que pertenecen al mismo 'característica' (una entidad química, por ejemplo, una carga de péptidos. variante) y el ajuste de un modelo teórico para ellos. Un valor de calidad se asigna a cada característica con respecto a su medición en cada dimensión de caracterización, por ejemplo, su perfil de elución (tiempo de retención) y la distribución de isótopos (masa-carga). · Las características se utilizan entonces para libre de etiqueta y marcado con isótopo cuantificación. Visualización: · OpenMS pueden visualizar los datos de HPLC-MS en varias vistas differend. exploraciones individuales se pueden visualizar en una parcela de 2 dimensiones. Los mapas más complejos, se pueden mostrar en una vista 2D (vista de pájaro con intensidades codificadas por colores) e incluso en una vista 3D. Las representaciones de los datos son altamente configurables y por lo tanto pueden ser reutilizados en muchas aplicaciones. · Las imágenes de la derecha son capturas de pantalla de 'TOPPView', un visor de datos MS que forma parte de TOPP. Mapping: · Muchos experimentos proteómicos constan de varias series de HPLC-MS. Las pistas tienen que estar alineadas a fin de corregir los problemas en cromatografía. Mapping es el proceso por el cual los mapas de los picos o las características de diferentes mediciones se superponen. · El primer paso es encontrar una transformación que mueve dispone de un mapa cerca de características correspondiente en el otro. Un enfoque hashing geométrica estándar es suficiente en la mayoría de los casos. · En el segundo paso se determina un combinatorias se encontraron grupos y extracto de características correspondiente para el análisis diferencial. De identificación · La identificación de péptidos y proteínas es una de las tareas principales en la investigación proteómica. OpenMS pueden leer y escribir los formatos de datos de los motores de la mayoría de identificación populares, por ejemplo, Sequest, la mascota, OMSSA, X! Tandem. Las estructuras de datos para esa tienda están disponibles los datos para su posterior análisis de los resultados de identificación. · OpenMS por ejemplo puede filtrar los resultados de la identificación, resultados de consenso de cómputo de varios motores de identificación. Además las identificaciones se pueden validar usando predicción tiempo de retención. Soporte Base de datos: · Alto rendimiento de las tecnologías modernas en la proteómica como resultado una gran cantidad de datos que necesita ser comentada, analizada y almacenada. La enorme cantidad de datos hace que el apoyo de base de datos una característica esencial de casi cada soporte de base de datos proteómicos application.OpenMS ofertas a través del módulo de Qt SQL, que permite el uso de una variedad de diferentes bases de datos SQL. · El modelo de base de datos de OpenMS se ajusta la medida de lo posible al modelo HUPO PSI-OM.

Oprimos Software relacionado