Orfprimer ORFPRIMER - Aplicación Java para el diseño de imprimación automática
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Orfprimer Descripción

ORFPrimer - Aplicación Java para el diseño de imprimación automática Orfprimer es una aplicación Java para el diseño de imprimación automática. Se basa en nuestro software previamente liberado ORFER que lee el formato GenBank XML- y FASTA-Secuencia. Las secuencias de proteínas se descargan normalmente simplemente especificando el identificador de GI o el número de adhesión del objetivo de proteínas correspondiente. Orfer desplegará el marco de lectura abierto de las secuencias de proteínas solicitadas y la visualización, IT.ORFPrimer calcula automáticamente los cebadores de PCR para estas secuencias. El manejo de ORFPrimer es intuitivo y bastante simple utilizando la configuración predeterminada. Además, proporciona muchas posibilidades para cambiar las opciones de cálculo antes y también después del cálculo de cebadores, tales como: · Cambio de la posición de los cebadores, · Cambio de la temperatura de fusión deseada, · Cambio de los sitios de restricción en las secuencias de cebadores. Este Way Orfprimer combina la adaptabilidad y la comodidad en un programa que lo convierte en una potente herramienta de software. Forfprimer proporciona una interfaz de base de datos que permite almacenar las secuencias recuperadas en una base de datos SQL local. Esta base de datos se puede configurar utilizando los scripts del paquete de instalación de ORFPrimer. En este momento, MySQL, ORACLE y Microsoft Access están compatibles. Aquí hay algunas características clave de "Orfprimer": uso simple: · Orfprimer es casi autoexplicativo · La interfaz gráfica de usuario (GUI) simplemente se encuentra la capacidad de manipulación: · Orfprimer fue implementado En Java · Orfprimer es independiente de la plataforma · OrfPrimer se puede ejecutar en diferentes máquinas: Windows, Linux, Mac, Unix, ... Accesibilidad en línea: · La tecnología de inicio web de Java permite iniciar Orfprimer a través de Internet · Descarga y el procedimiento de instalación explícitos no son necesario. Gestión de datos: · ORFPrimer incluye herramientas para configurar su propia base de datos. · Se admiten al mismo tiempo que se admiten al mismo tiempo (MySQL, Oracle y Micosoft Access). · Alternativamente, los datos se pueden escribir en archivos (por ejemplo, FRATE FATSA). Cálculo de rendimiento alta: · ORFPRIMER PUEDE ser utilizado para calcular los cebadores para hasta miles de secuencias de destino. · Este procedimiento puede ser automatizado adicionalmente al leer los objetivos a través de archivos de texto.

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