Pdb2pqr Una tubería automatizada para la configuración, la ejecución y el análisis de los cálculos de electrostática Poisson-Boltzmann
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Pdb2pqr Descripción

Una tubería automatizada para la configuración, la ejecución y el análisis de los cálculos de electrostáticos Poisson-Boltzmann. PDB2PQR es una fuente abierta y un paquete de software de Python gratuito que automatiza muchas de las tareas comunes de la preparación de las estructuras para los cálculos de electrostáticos continuos, proporcionando una utilidad independiente de la plataforma para convertir los archivos de proteínas en formato PDB a Formato PQR. Estas tareas incluyen: · Agregar un limitado Número de átomos pesados ​​que faltan a estructuras biomoleculares · Determinación de PKA de cadena lateral · Colocación de hidrogenas faltantes · Optimización de la proteína para la unión de hidrógeno favorable · Asignación de los parámetros de carga y radio de una variedad de requisitos de campos de fuerza: · Python ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: Nuevas características: · Actualizado html / master-index.html, eliminado html / index.php. · PYDOC actualizado ejecutando genpydoc.sh. · Se agregó una opción de espacio en blanco al colocar espacios en blanco entre el nombre del átomo y el nombre del residuo, entre X e Y, y entre Y y Z. · Radio adicional para el cloro en Ligff.py. · Se agregó PEOEPB FORCEFIELD, datos proporcionados por Paul Czodrowski. · Actualizado ingreso.py para escribir el potencial electrostático para el archivo de entrada de APC. · CHARMM.DAT actualizado con dos conjuntos de parámetros de fosfoserina. · Se admiten cadenas de aminoácidos con solo un residuo, utilizando una opción de índice de selección. · Se actualiza el servidor.py.in para que la opción Ligand también se registre en Usage.txt. · Actualizado HE21, HE22 coordina en GLN de acuerdo con los resultados del programa AMBER LEAP. · Actualizado Makefile.am con el parche de Manuel Prinz (eliminado Distrclean2 y adjuntó su contenido a Divloan-Local). · Actualizado Configure.ac, pdb2pqr-opal.py; Añadido appservice_client.py y appservice_types.py con los cambios de Samir Unni, que fijó problemas anteriores en la invocación de servicios de opal. · Aplicó dos parches de Manuel Prinz a PDB2PKA / PMC_MULT.H y PDB2PKA / LIGAND_TOPOLOGY.PY. · Anunciado Pars.Dat con la fuente de los parámetros. · Creó una carpeta de Contribis con el paquete Numpy-1.1.0. PDB2PQR instalará NOMBRES de forma predeterminada a menos que se cumpla con cualquiera de las siguientes condiciones: a. Versión de trabajo de Decerty Dected by Autoconf. B. Las solicitudes de usuario no hay instalación con la opción de uso-aDB2PKA. C. El usuario especifica la instalación de números externos. · Fusionó la rama de Samir Unni. Ahora, los servicios de Opal y Apbs Opal de PDB2PQR están disponibles (a través de: / OPALLO-OPALLY-APBS, - APS-APBS-Opal Options en Configure Stage). · Añadido manejo de errores para el nombre de residuos por más de 4 caracteres. · Actualizado hbond.py con las definiciones de Mike Bradley para Angle_Cutoff y DIST_CUTOFF de forma predeterminada. · Se eliminó PyXML-0.8.4, que no es necesario para la instalación de ZSI. · Mensaje de error de PROPKA actualizado para Hacer Av-Test: PROPKA requiere una versión del compilador FORTRAN. · Actualizado na.py y parches.xml para que PDB2PQR se encarga de los nombres de residuos de ARN con letras (ADE, CYT, GUA, THY y URA) también. · Actualizado Na.XML con HO2 'Añadido como un nombre alternativo para H2' ', y H5 "agregado como un nombre alternativo para H5' '. · Números de versión actualizados en HTML / y DOC / PYDOC /. · Servidor web actualizado. Al seleccionar el archivo de Forcefield definido por el usuario desde el servidor web, los usuarios también deben proporcionar un archivo .Names. · Quitado http://enzyme.ucd.ie/services/pdb2pqr/ de la lista de servidores web. · Eliminado la necesidad de proteínas al procesar otros tipos (ligandos, ácidos nucleicos). · Actualizado psize.py con el parche de Robert Konecny ​​para solucionar la asignación inconsistente de los números de cuadrícula fina en algunos casos (muy) raros. · Opción de espacio en blanco Hecho disponible para versiones de la línea de comandos y del servidor web. · Actualizado inputgen_pka.py con la última versión. Corrección de errores: · Se solucionó un error legado con el servidor web (no le gustan los archivos del servidor web generados en las plataformas de Windows o OLD Mac OS). · Se corrigió un error en Configure.ac, de modo que PDB2PQR ya no compruebe para numpy.tht en la configuración de configuración. · Actualizado PDB2PKA / SUBSTRUCT / Makefile.am. · Se corrigió el error de islasbone en definiciones .py. · Se corrigió un error para los residuos carboxílicos en Hidrogen.py. · Se corrigió un error en las rutinas.py, que causó que los hidrogenas se agregaron en Leu y Ile en la conformación eclipsada en lugar de escalonadas. · Se corrigió un error en Configure.ac, ahora está bien configurar con blashes dobles en la ruta del prefijo, por ejemplo, --prefix = / foo / bar // Otra / ruta. · Se corrigió un error en el esquema de nombres de ácido nucleico. · Se corrigió un error que involucró a MET, GLY como NTERM, CTERM CON OPCIÓN --FOUT. · Se corrigió un error para PRO como C-Terminus con Pars Forcefield. · Se corrigió un error para ND1 en su Haceptice. · Se corrigió el error de la opción -Clean. · Se corrigió un error en el esquema de nombres de Charmm. · Se corrigió un error en Test.CPP de la prueba simple (que está relacionada con modificaciones recientes de 1AF en el banco de datos de proteínas).

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