Phylosort Solución de código abierto que le permitirá ordenar árboles filogenéticos
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Phylosort Clasificación y resumen

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Phylosort Descripción

Solución de código abierto que le permitirá ordenar árboles filogenéticos. Phylosort es una herramienta de Java de código abierto que le permitirá ordenar árboles filogenéticos buscando subárboles especificados por el usuario que contengan un grupo de interés monofilético definido por unidades taxonómicas operativas (OTUS) .phylosort ofrece dos modos de búsqueda, inclusive (predeterminado) y exclusivo : · En el modo exclusivo, cualquier taxa del (los) grupo (s) de consulta existe en el árbol, deberá ubicarse dentro del clado monofilético para calificar ese clado y considerar el árbol como un árbol de coincidencia. · En el modo inclusivo , la restricción del modo exclusivo se relaja de tal manera que se acepta un clado monofilético "calificado", independientemente de si hay taxones adicionales de los taxones de consulta ubicados en otro lugar en el árbol fuera de ese clado. Aquí hay algunas características clave de "Phylosort": · Búsqueda de una relación monofilética entre grupos de taxones. · Filtrado por valores de soporte de bootstrap asociados con los clados monofiléticos. · Filtrado por complejidad de árbol (número de taxones en un árbol). · Filtrado por complejidad familiar (número de genes por taxón en un árbol). · Reletear árboles (genes) en grupos de árboles (familias genéticas). · Agrupar OTUS utilizando un árbol de referencia de taxonomía. · Implementación limpia y reutilizable de los procedimientos comunes para manipular la estructura de datos de árbol, como el análisis de Newick, el recorrido de árboles y la renovación. · Visualización de la topología de árbol utilizando un espectador de árbol (ATV).

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