Planificador de rflp RFLP Planner: encontrar enzimas de restricción que ayudan a diferir secuencias de ADN de homóleo conocidas
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Planificador RFLP: encontrar enzimas de restricción que ayudan a diferir secuencias de ADN de homóleo conocidas RFLP PLANNER es una aplicación de código abierto que le ayudará a planificar un experimento RFLP: encuentra enzimas de restricción que cortan un conjunto de secuencias de ADN de homólogo de diferentes maneras y simula la imagen de gel-electroforesis resultante. El planificador RFLP debe ser independiente de la plataforma, pero se analiza solo en Mac OS X. Le ayuda a encontrar las enzimas de restricción crucial que caracterizan a la población. Con la simulación de electroforesis, es fácil elegir las enzimas de restricción que muestran el mejor polimorfismo en el gel. Una palabra clave importante es la biodiversidad. El programa está escrito en Perl, utiliza algunos módulos de Bioperl y la Biblioteca GD. El planificador RFLP debe ser independiente de la plataforma, pero se analiza solo en Mac OS X.Hay algunas características clave de "RFLP Planner": · Simulación de los guiñosos (PNG): cada secuencia una imagen. Cada imagen con un marcador de peso molecular. Cada enzima de restricción una ranura. · La evaluación se realiza con toda la base de datos de enzimas de restricción de Bioperl, pero también se pueden agregar las enzimas deseadas (nombre de enzimen o restricción ^) · Los isososhizímeros no se utilizan para los cálculos (pero aparecen en los Fragments.txt resultantes) · Las secuencias se pueden recortar a la misma longitud o no, pero para el hervidor se usan las secuencias originales. Las bandas de marcador de peso molecular deseadas se pueden etiquetar · Opción para etiquetar imágenes (con nombre de secuencia) · Se admiten muchos formatos diferentes de salida y salida. (bioperl) · Abuso el programa para reducir las secuencias de cebadores de un montón de secuencias: 1. En una secuencia de cierre de la secuencia manualmente 2. Importar todas las secuencias (FASTA) 3. Elija: Trimm = 1, aligned_Format = 'FASTA' · Remove automático Secuencias de alineación incorrectas · Elija la gama de enzimas de restricción buscadas (4, 6, .. -BACTOR) · Secuencias automáticas de complemento inverso (no funcionan para una gran cantidad de SEC; Si no funciona, intente con menos secuencias, exoprt alineación en FASTA , unirse a un ll Secuencias de nuevo, calcule el conjunto)

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