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Proporciona fácil acceso a imágenes nifti desde Python. Pynifti utiliza envoltorios generados por Swig para la biblioteca de referencia de Nifti y proporciona la clase NiftiImage para el acceso al estilo de Python a los datos de la imagen. Nifti es un nuevo formato de datos de estilo analizado, propuesto por el Grupo de trabajo de formato de datos NIFTI como un "corto plazo Medida para facilitar la inter-operación de los paquetes de software de análisis de datos de MRI funcional ". Mientras tanto, varios kits de herramientas son nifti-Aware (por ejemplo, FSL, AFNI, SPM, Freesurfer y A a un cierto grado también Brainvoyager). Además, Dicomnifti permite la conversión directa de las imágenes DICOM en el formato nifti. Mientras que Pyntifti aún no está completo (es decir, no admite todo lo que puede hacer la biblioteca C), ya le proporcionará acceso a las características más importantes de Libniftiio Capacidades y formato de datos nifti-1. Nota: Pyntifti se desarrolla, provisto y con licencia según los términos de la licencia MIT. Aquí hay algunas características clave de "Pyntifti": · Pyntifti puede leer y escribir cualquier formato de archivo admitido por Libniftiio. Esto incluye nifti (solteros y pares), así como analizar archivos, tanto también en versiones gezped. · Pyntifti proporciona acceso rápido y conveniente a los datos de la imagen a través de matrices numerables. Esto debería permitir a los usuarios procesar los datos de la imagen con la mayoría de las rutinas numéricas (si no todas) disponibles para Python. La matriz NUTPY utiliza automáticamente un tipo de datos correspondiente a los datos de la imagen nifti, no se realiza un impulso innecesario. · Pynifti proporciona acceso completo y escritura a los datos del encabezado Nifti. La información del encabezado se puede exportar a un diccionario de Python y también se puede actualizar utilizando información de un diccionario. · Además de acceder a los datos de NIFTI de los archivos, Pyntifti puede crear imágenes nifti de matrices numerables. La información apropiada del encabezado nifti se determina a partir de las propiedades de la matriz. La información adicional del encabezado se puede especificar opcionalmente, lo que facilita el clon de imágenes nifti si es necesario, pero con modificaciones menores. · La mayoría de las propiedades de las imágenes nifti son accesibles a través de atributos y / o funciones de accesorios del niftiimage. Las propiedades entre dependientes se actualizan automáticamente si es necesario (por ejemplo, la modificación de la matriz Q-Form también actualiza las propiedades de PixDim y la representación de la cuaternión). · Todas las propiedades son accesibles a través de los tipos de datos de estilo Python: una matriz 4x4 es una matriz no 16 números individuales. · Pyntifti debería ser resonablemente rápido. Los datos de la imagen solo se cargarán en la memoria si es necesario. Simplemente abrir un archivo NIFTI para acceder a algunos datos de encabezado se realiza con prácticamente ninguna demora independiente del tamaño de la imagen. A menos que la imagen de tamaño de la imagen o la conversión de tipos de datos se puedan realizar los datos de la imagen, la imagen nifti y acceder a las matrices adorables, y, por lo tanto, la memoria no se perderá la memoria con copias redundantes de los datos de la imagen. Sin embargo, se debe tener cuidado de hacer una copia de los datos de la imagen si tiene la intención de cambiar el tamaño y elamar los datos de la imagen (consulte el Método Docstring of the niftiimage.asarray ()). · Además, Pyntifti puede acceder a los archivos nifti o analizar sin comprimir proporcionando acceso asignado a la memoria a través de las matrices MEMMAP de NOMPY. En este modo, es posible modificar los archivos existentes de cualquier tamaño sin tener que cargarlos en la memoria primero. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Esta versión es la primera en una serie que apunta a estabilizar la API y finalmente resulta en Pynifti 1.0 con soporte completo de la norma Nifti1. · Todo el paquete fue reestructurado. El nombre de nombre de Nifti.nifti (imagen, formato, clibs) de renombramiento incluido. "Nifti. (Imagen, formato, clibs)`. Los módulos de redirección se aseguran de que el código de usuario existente no se rompa, sino que emitirá una depreciación y se eliminará con la liberación de Pynifti 1.0. · Se agregó una extensión especial que puede incrustar cualquier objeto Python serializable en el encabezado de archivos NIFTI. Los contenidos de esta extensión se amplían automáticamente a pedido en el atributo `.Meta` de cada niftiImage. Al guardar archivos en disco, el contenido del diccionario también se vaga automáticamente a esta extensión. Los metadatos incrustados no se cargan automáticamente, ya que esto tiene implicaciones de seguridad, ya que se ejecuta el código del encabezado del archivo. La documentación menciona explícitamente este riesgo. · Añadido: Clase: `~ nifti.extensions.niftiextensions`. Este es un controlador similar al contenedor para acceder y manipular las extensiones de encabezado Nifti1. · Expuesto: Clase: `~ nifti.image.MemMapApNiftiImage` en el módulo raíz. · Movido: FUNC: `~ nifti.utils.copiMage` en el módulo: mod:` ~ nifti.utils '. · Desde ahora en Sphinx se utiliza para generar la documentación. Esto incluye una referencia de módulo que reemplaza esa antigua referencia de API. · Métodos agregados: Meth: `~ nifti.format.niftiformat.vx2q` y: meth:` ~ nifti.format.niftiformat.vx2s` Para convertir los índices de voxel en coordenadas definidas por qform o sforme respectivamente. · Actualización de los valores `cal_min 'y` cal_max` en el encabezado nifti al guardar un archivo ahora está condicionado, pero permanece habilitado de forma predeterminada. · Conjunto completo de métodos para consultar y modificar las unidades del eje. Esto incluye ampliar el campo 'xyzt_units' anterior en el diccionario de encabezado a los campos editable `xyz_unit` y` Time_Unit`. El primer 'XYZT_UNITS' Field ya no está disponible. · Conjunto completo de métodos para consultar e fabricar códigos QForm y Sormes. · Cada instancia de imagen ahora es capaz de generar un vertedero legible por humanos de su información de encabezado más importante a través de `__str __ ()`. ·: Clase: `~ nifti.image.niftiImage` Los objetos ahora pueden ser decididos. · Cambiado a los disturbios de Numpy para construir el paquete. Limpiado y simplificado el procedimiento de compilación. Se agregaron banderas de optimización a la llamada SWIG. ·: ATTR: `nifti.image.niftiimage.fileName` ahora también se puede usar para asignar un nombre de archivo. · Introducido: Datos: `Nifti .__ Version__ 'como cadena de versión canónica. · Quitado 'UpdateqFormFROMQUARTERNION () `de la lista de métodos públicos de: Clase:` ~ nifti.Format.Niftiformat`. Este es un método interno que no debe utilizarse en el código de usuario. Sin embargo, una redirección al nuevo método permanecerá en el lugar hasta Pynifti 1.0. · BUGFIX:: Meth: `~ nifti.image.niftiimage.getscaleddata` Devuelve una matriz de datos no modificada si 'Slope' se establece en cero (según lo requiera el estándar NIFTI). Gracias a Thomas Ross para informar. · BUGFIX: los nombres de archivos de Unicode ahora se manejan correctamente, siempre y cuando no contengan caracteres Pure-Unicode (ya que la biblioteca Nifti no los admite). Gracias a GA? L Varoquaux para informar sobre este problema.

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