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Rsmatch Clasificación y resumen

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comparar encontrar arn comparar ARN Encontrar ARN comparación de ARN

Rsmatch Descripción

Alineando estructuras secundarias de ARN y encontrar motivos de ARN RSMATCK es un paquete gratuito y fácil de usar diseñado para proporcionar un enfoque de peso ligero para comparar las estructuras de ARN, lo que descubre los elementos de la estructura funcional. En comparación con otras herramientas para la comparación de la estructura de ARN, el RSMATCK es rápido, que requiere tiempo cuadrático determinado por los tamaños de dos estructuras dadas. RSMATCK utiliza dos esquemas de puntuación, es decir. Posición esquemas independientes y dependientes de la posición. El esquema independiente de la posición conlleva dos matrices de puntuación, una para regiones de una sola variedad y la otra para regiones de doble cadena. Este esquema de puntuación se utiliza en comparaciones de pareja y búsquedas de bases de datos. El esquema dependiente de la posición, también conocido como perfil, puntúa las posiciones de estructura individuales y se utiliza mediante la alineación de la estructura múltiple y las funciones de búsqueda de bases de datos iterativas. RSMATCH proporciona opciones de alineación globales y locales, aunque este último es más útil en la mayoría de los casos. Además, RSMATCK puede tomar estructuras basadas en patrones como entrada. Nota: SOEM Ejemplos están disponibles aquí. Requisitos: · Java

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