Sistema de funciones iterado Visualiza fácilmente los genomas grandes
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Sistema de funciones iterado Clasificación y resumen

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vista visualizador genoma Ver el genoma Visor del genoma visualizador del genoma

Sistema de funciones iterado Descripción

Visualiza fácilmente los genomas grandes. El sistema de funciones iterado es una herramienta gratuita y fácil de usar para la visualización de grandes genomas por representación del juego CGR (Jeffrey 1990). CGR transforma la secuencia de ADN a la imagen de color (figura a la derecha). Cada píxel corresponde a una secuencia corta de n símbolos llamada N-Mer. El color del píxel refleja la frecuencia N-MER en la secuencia analizada. El parámetro principal de la visualización, es decir, la región en el genoma empleado en la visualización se controla por deslizador en la parte superior de la ventana. El usuario puede especificar la región directamente ingresando la posición de inicio y la longitud, o usando el control deslizante para mover la región rápidamente a través del genoma. La posición real y la longitud de la región se muestran en el control deslizante como una barra roja con tamaño correspondiente. El formato de genebank puede incluir especificaciones de características genómicas, como genes, ARNm, etc., se extraen del archivo de entrada y se enumeran en la parte de las características de la ventana. Después de seleccionar un usuario, se muestra su descripción en la parte correcta. El botón Visualizar se puede utilizar para visualizar la función seleccionada inmediatamente. Esto nos permite analizar fácilmente las partes importantes del genoma, simplemente por un solo clic. Los parámetros de visualización de la visualización se enumeran en la sección Configuración de visualización. Rango de color, es decir, la transformación de la frecuencia de oligómeros a la mapa de calor de color se puede ajustar. El valor mínimo se muestra en azul y máximo en color rojo. Cuando se elige el ajuste automático de la gama de color, el valor máximo siempre se recalcula para mostrar el oligómero más frecuente en color rojo. El resaltado de oligómeros con baja y alta frecuencia se puede lograr simultáneamente mediante escala logarítmica de mapa de calor de color, es decir, log (cuenta) se aplica al valor de contador.

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