T-rfpred Un grupo de scripts de Perl que ayudará a los investigadores a identificar los picos de la PROFIIE de una huella digital TRFLP con las bibliotecas de clon de genes de RRNA de 16S parcialmente secuenciados
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T-rfpred Clasificación y resumen

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T-rfpred Descripción

Un grupo de scripts de Perl que ayudará a los investigadores a identificar los picos de la PROFIIE de una huella dactilar TRFLP con las bibliotecas de clones de genes de RRNA de 16S parcialmente secuenciados. T-RFPRED, Predicción de fragmentos de restricción de terminales es un grupo de scripts de Perl que ayudará a los investigadores a identificar los picos de perfil de una huella digital de TRFLP utilizando las bibliotecas de clones de genes de RRNA de 16S de Secuenciados parcialmente secuenciados de la misma muestra. En los métodos de silico, similares a esto, son necesarios para identificar los picos de fragmentos de restricción. Básicamente, este método estima el tamaño esperado de sus secuencias de clon para una enzima de restricción dada. T-RFPRED utiliza la versión de GenBank alineada del Proyecto de base de datos Ribosomal (RDP) que se reformateará para acelerar el proceso. La idea detrás de este método es que en la mayoría de las circunstancias, solo se puede tener secuencias parciales en una biblioteca de clon y no en el gen de la RRNA de 16S. Además, la imprimación que se usa principalmente para el T-RFLP suele ser la misma que la para la secuenciación y luego ATE Método estima la longitud del fragmento al agregar la longitud del oligonucleótido, la estimación de la longitud de la "brecha "y la longitud de la secuencia de muestra desde el principio de la secuencia de muestra hasta el primer tamaño objetivo de la enzima de restricción. La longitud de la "brecha", las bases que faltan entre el extremo del oligonucleótido y el comienzo de la secuencia de la muestra, se estima en base a una serie de secuencias que están más estrechamente relacionadas con la secuencia de muestra en un subconjunto de las secuencias de proyectos de base de datos ribosomales Que son lo suficientemente largos como para abarcar el oligonucleótido. Una Blastn local encuentra los mejores éxitos y luego las alineaciones de Smith-Waterman de la secuencia de muestras y los mejores éxitos dan similitudes precisas porcentuales. También t-rfpred le da a la taxonomía del pariente más cercano.

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