Topografía Un simulador neural de propósito general centrado en los mapas topográficos
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Un simulador neuronal de propósito general se centra en los mapas topográficos Topographica es un paquete de software para el modelado computacional de mapas neuronales, desarrollado por el Grupo de Investigación de Redes Neuronales de la Universidad de Texas en Austin y el Instituto para la adaptación y Neural Computation en la Universidad de proyecto Edinburgh.The está financiado por el Proyecto Cerebro Humano NIMH bajo la subvención 1R01-MH66991. El objetivo es ayudar a los investigadores a entender el funcionamiento del cerebro en el nivel de los mapas topográficos que componen systems.Topographica sensorial y motor está destinado a complementar los muchos simuladores buena bajo nivel de las neuronas que están disponibles, tales como Génesis y Neuron. Esos simuladores se centran en el modelado del comportamiento interno detallado de las neuronas y las pequeñas redes de them.Topographica que se centra en la estructura a gran escala y la función que es visible sólo cuando muchos miles de esas neuronas se conectan en mapas topográficos que contienen millones de conexiones. Muchos fenómenos importantes no pueden ser estudiados sin tales grandes redes, incluida la organización bidimensional de mapas visuales orientación y la dirección de movimiento, y segmentación de objetos y agrupar processes.To hacen tales modelos práctico, en Topographica la unidad fundamental es una lámina de neuronas, en lugar que una neurona o una parte de una neurona. Para la mayoría de las simulaciones, las hojas se pueden implementar en un alto nivel, que consiste en-cadencia de tiro abstracta o neuronas-y-fuego integran. Cuando sea necesario para la validación o de fenómenos específicos, Topographica fácilmente se puede extender mediante una hoja que las interfaces a los modelos de neuronas más detalladas en otros simuladores. hojas detallados-Less también se pueden utilizar temporalmente, por ejemplo, al interactuar con el modelo en tiempo real. Topographica hace que sea simple de utilizar un nivel adecuado de complejidad y detalle, como se determina por la potencia de cálculo disponible, cantidad de datos biológicos disponibles para la validación y fenómenos de interés. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: Mejoras generales: · Mejoras de rendimiento significativas en simulaciones (casi 2X generales), de trazado (2X) y tiempo de arranque · correcciones de errores menores · Más opciones para añadir ruido a formas ConnectionField · Opcional línea por línea de perfiles · Paquete opcional Cython para escribir componentes rápido De línea de comandos y el lote: · -V -d y las opciones para imprimir detallado y mensajes de depuración · Nuevas opciones para run_batch y mejores mensajes de progreso · Reemplazado la mayoría de comandos con ParameterizedFunctions, que han documentado, tipo y argumentos-controladas con destino y permitir la herencia de la funcionalidad compartida · Comandos de medición mapa reemplazado en topo.command con más simple, de propósito general, fácilmente .ty en archivos versiones controlables (ver lissom_oo_or.ty y lissom.ty para ejemplos) · Save_plotgroup: valores por defecto más útiles; Los resultados pueden almacenar en caché para evitar recálculo · Measure_sine_pref: medición de propósito general para cualquier preferencia que puede ser probado con una rejilla sinusoidal · Los locales a los parámetros de nivel de secuencia de comandos utilizando Parámetros globales ha cambiado; ver ejemplos / lissom.ty · Gradientplot Hecho y fftplot disponible en el modo por lotes. GUI: · Editor modelo soporta EventProcessors no de sábanas y EPConnections no CFProjection · Opción de botón derecho del ratón para el trazado de curvas de ajuste · Ventanas de la trama pueden ser dispuestos en 2D, no sólo una fila (ver Sheet.row_precedence) Scripts de ejemplo: · Archivo de ejemplo para la conexión a los simuladores externos (ejemplos / perrinet_retina.ty) · Eliminado anticuado o ejemplos en curso · Grandemente simplificados scripts de ejemplo restantes · Parámetros globales ahora utilizar para apoyar ajuste de la opción consistente usando -p · Permitido el ahorro de las funciones locales y llamadas de métodos de instancias en las instantáneas biblioteca de componentes: · PatternGenerators: Traductor; parámetro mask_shape ahora también hace que sea fácil para especificar una máscara para cualquier patrón, por ejemplo, en la GUI · TransferFns (anteriormente llamados OutputFns): HalfRectifyAndPower, histéresis y HomeostaticResponse · Hojas: ActivityCopy · LearningFns: CFPLF_BCMFixed_opt, CFPLF_Scaled_opt · Parámetros Agregado HookList a FeatureResponses y lissom para que sea más fácil añadir funcionalidad definida por el usuario. · Nombres y definiciones de varios conceptos similares (OutputFn, before_presentation, update_command, plot_command, etc.) para reflejar concepto compartido de ganchos y HookLists Cambiado (listas de callables se ejecuten en puntos específicos en el código). · Parámetros: límites ahora pueden ser exclusivos de apoyo, opcional para Nada en la mayoría de los tipos

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