Tubería de marcador de intrón Diseño de imprimadores de flanqueamiento de intrones usando EST como una plantilla en especies con una secuencia genómica limitada
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Tubería de marcador de intrón Clasificación y resumen

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Tubería de marcador de intrón Descripción

Diseño de imprimaciones de flanqueamiento de intrones usando EST como una plantilla en especies con una secuencia genómica limitada La tubería de Pipeline (IMP) del marcador de intrón se ha desarrollado como una herramienta automatizada para el diseño de cebadores que el flanco predijo la ubicación del intrón en las etiquetas de secuencia expresadas (EST). La tubería de marcador de intrón (IMP) tiene como objetivo describir a las especies con datos de secuencia genómica disponibles. Todo lo que se requiere para la entrada es un archivo FASTA que contiene la secuencia EST y otro archivo FASTA que contiene cualquier secuencia genómica que se utilizará para la predicción de intrón. Esto permite una flexibilidad óptima para los usuarios, lo que les permite controlar las secuencias exactas utilizadas. Instrucciones de instalación: · Descargue la distribución actual · Desembale (se creará su propia carpeta que contiene) usando el nombre de archivo TAR -ZXVF en el terminal · Instale las utilidades de la línea de comandos, Blat, Geneseqer y Primer3 y la nota de la ruta para cada uno de ellos. Uno (EX: / usr / local / share / aplicaciones / cimer3 / src / cimers_core) · Ejecute PERL INSTRUERTE.PL En el directorio base de Imp · Ingrese las rutas ya anotadas cuando se indican los requisitos: · Repeterasker · Blat · Geneseqer · Primer3 Utilidad de la línea de comandos

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