URRACA Un proyecto integral basado en Java que estudia las propiedades de ADN y las secuencias de proteínas
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proteína estudio ADN secuencia de proteínas Estudio ADN presentación de ADN

URRACA Descripción

Un proyecto integral basado en Java que estudia las propiedades de ADN y las secuencias de proteínas. Magpie o el entorno de investigación del proyecto automatizado de múltiples propósitos es un paquete de software para la presentación automatizada de la DNA y las secuencias de proteínas. En la información de Magpie sobre la probabilidad de codificación de un ORF se muestra como un conjunto de 6 atributos. Esta información se proporciona en los gráficos de ContIG y en la línea de información ORF en la página verde. Los tres primeros atributos FAC reflejan las propiedades calculables de la secuencia, mientras que PDM describe la cantidad de evidencia externa (a través de búsquedas en la base de datos) que tenemos sobre la función de la secuencia. Cuanto más azul (nivel 1) en la caja, más probable es que el ORF sea realmente una secuencia de codificación. · F: (Sí / No) ¿La secuencia de codificación potencial se ajusta al perfil de uso de Codon de este organismo (utilizando una prueba de ajuste de chi-cuadrado de chi cuadrado del 99%) · A: (sí / no) es el% A + g de la secuencia > 50%, característica de la secuencia de codificación en muchos organismos · C: (Nivel 1, 2, 3 o 4) ¿Cuál es el nivel de compensación de G + C en las posiciones del segundo y tercer codón? La mayoría de los organismos seguirán un patrón en el contenido de G + C que es mayor en la tercera posición de 'Waggle'. · P: (Nivel 1,2 o 3) Indica el mejor nivel de evidencia que tenemos que consiste en una coincidencia de nivel de proteína (por ejemplo, contra GenPept, ORNA ARNm / ADNc de nivel de proteínas. · D: (Nivel 1, 2 o 3) Indica el mejor nivel de evidencia que tenemos que consiste en coincidencias a las secuencias de ADN en el nivel de comparación de ADN (por ejemplo, búsqueda contra GenBank) · M: (Nivel 1, 2 o 3) indica el mejor nivel de evidencia que consiste en que consiste. de partidos a las familias de proteínas (por ejemplo, PFAM) o patrones de vinculación conocidos (PROSITE) Requisitos: · Java

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