Vmd Un programa de visualización molecular para mostrar, animar y analizar grandes sistemas biomoleculares utilizando gráficos 3-D.
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Vmd Clasificación y resumen

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Vmd Descripción

Un programa de visualización molecular para mostrar, animar y analizar grandes sistemas biomoleculares utilizando gráficos en 3-D. VMD es un programa de visualización molecular para mostrar, animar y analizar grandes sistemas biomoleculares utilizando gráficos en 3-D y secuencias de comandos incorporado. VMD es compatible con los equipos que ejecutan Mac OS X, UNIX, o Windows, se distribuye de forma gratuita, e incluye fuente code.VMD es un gráficos moleculares programa diseñado para la visualización y el análisis de biopolímeros tales como proteínas, ácidos nucleicos, lípidos y membranas interactivo .VMD es una aplicación general para la visualización de moléculas que contienen cualquier número de átomos y es similar a otros programas de visualización molecular en su capabilities.VMD básico incluye soporte incorporado para gama alta representación estereoscópica quad-tamponada que puede ser utilizado en los cines de proyección como así como gráficos de trabajo de escritorio. pantalla Sterescopic ayuda significativamente en la percepción de estructuras tridimensionales y ha sido una característica clave en VMD desde su primera versión. VMD también proporciona soporte para gafas estéreo orientada al juego barato, y estéreo aunque anaglifos (rojo / azul). Aquí están algunas características clave de "VMD": · No hay límite en el número de moléculas, átomos, residuos o el número de cuadros de animación, excepto la memoria disponible. · Muchos representación molecular y volumétrica y métodos de coloración. · Amplia selección de idioma átomo con operadores booleanos y algebraicas, expresiones regulares, selecciones basadas distancia, y mucho más. · Amplia las interfaces gráficas y de texto a Tcl, Tk, y Python para proporcionar potentes capacidades de programación y análisis. · De alta calidad de la representación en pantalla utilizando el sombreado programable OpenGL en los aceleradores de gráficos avanzados. · Visualización estereoscópica con gafas de obturación, paneles planos autoestereoscópica, anaglifo gafas estéreo, y la visualización estéreo de lado a lado. · 3-D de control interactivo a través del uso de palancas de mando, Spaceballs, dispositivos hápticos y otros dispositivos de entrada avanzada, con soporte para realidad virtual periférica de red (VRPN). · Una basada en complementos del sistema de archivos de carga extensible con soporte para los formatos más populares como el ámbar, CHARMM, Gromacs, NAMD, PDB, X-PLOR, y muchos otros, así como la conversión automática a través de Babel. · Exportación representada escena para formatos de representación extenal incluyendo POV-Ray, Raster3D, RenderMan, Gelato, Taquiónica, de frente de onda, así como archivos STL o VRML2 para la impresión 3-D. · Integración de alineación de secuencias múltiples y herramientas de análisis de la evolución, en la forma de la Multiseq plugin y su conjunto de herramientas relacionada. · Realizar simulaciones interactivas dinámicas moleculares (IMD) utilizando NAMD, Protomol, u otros programas como back-ends de simulación. · La integración con el programa NAMD, un ayuno, paralelo y dinámica molecular escalables programa desarrollado en conjunción con VMD. Ver la página NAMD para más detalles: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd · La integración con el entorno de la investigación en colaboración BIOCORE. VMD puede "publicar" guiones gráficos moleculares a BIOCORE, de modo que los colaboradores pueden trabajar juntos en internet. Ver la página BIOCORE para más detalles: http://www.ks.uiuc.edu/Research/biocore. Limitaciones: · Usted tiene que registrarse con el fin de descarga. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Actualizaciones de la documentación del usuario · Pequeñas mejoras y correcciones a Guía, documentación añadida del usuario VMD para los nuevos comandos y variables de entorno. · Nuevos y actualizados tutoriales disponibles para las imágenes avanzadas y creación de películas en 3-D, exportación a PDF, iluminación oclusión ambiental Taquiónica, colorear la superficie electrostática, y las selecciones de átomos mapa de densidad basados. · Cambios de la interfaz de usuario · Nueva "Usuario" modo de recoger para su uso con las secuencias de comandos definidos por el usuario y plugins · Mejoras generales · Soporte para la captura de 3-D con Acrobat 3-D, para la creación de documentos que se incrustan las estructuras moleculares de 3-D. · Representaciones VMD ahora pueden usar iluminación oclusión ambiental avanzada de Tachyon para enormemente mejoradas representaciones 3-D de gráficos moleculares. Este modo de iluminación avanzada puede mejorar enormemente el sombreado de poros y canales, las estructuras con cavidades, y otros casos que normalmente requieren el uso de indicación de profundidad para una mejor percepción de la profundidad. · VMD ahora es compatible con el programa de renderizado nVidia "Gelato" acelerado por GPU calidad de la producción. VMD exportaciones escenas en formato de archivo nativo del PYG Gelato, así como el formato de RenderMan costilla. · Por defecto, VMD ahora usará todos los procesadores disponibles para acelerar las porciones paralelizadas del código que actualmente incluyen varias rutinas de análisis de estructura, MD interactivas y rastreo de rayos. · El uso general de memoria por-átomo ha disminuido significativamente. El VMD ahora usa solo más de la mitad de la memoria por átomo en comparación con las versiones anteriores, dejando más espacio disponible para marcos de trayectoria adicionales o para que se carguen más moléculas a la vez. · Se han mejorado significativamente la escalabilidad de la carga y el análisis de la estructura de VMD. VMD ha probado con éxito la carga y el análisis de estructuras de hasta 72,000,000 átomos. · El algoritmo automático de determinación de bonos ahora se ejecuta hasta 3 veces más rápido en sistemas de procesadores individuales, y utiliza múltiples procesadores para mejorar el rendimiento en los procesadores multinúles y las estaciones de trabajo multiprocesador. · El rendimiento de carga de la estructura de múltiples mil archivos de Multi-Male Multi-Muestra cuando la actualización de la pantalla está deshabilitada. Esto beneficia a los trabajos de análisis VMD de modo por lotes que involucran análisis de miles de estructuras, por ejemplo. Carga y búsqueda de grandes subconjuntos de la PDB.

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