jpredictor Una herramienta gratuita y versátil para la predicción de elementos reguladores de CIS
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jpredictor Descripción

Una herramienta gratuita y versátil para la predicción de elementos regulatorios de CIS. JPredictor se usa para definir motivos, buscarlos en secuencias, motivos de ponderación utilizando conjuntos de entrenamiento y secuencias de puntuación utilizando los fragmentos de secuencias de motivos ponderados, a saber, los sitios de enlace del factor de transcripción, se sabe que se enriquecen y agrupan en tales elementos. Estos sitios de unión están representados como motivos y para la predicción, deben ser conocidos. Usando estos motivos, es posible ponderarlos aplicando un conjunto de entrenamiento positivo o negativo (modelo o fondo, respectivamente), para buscarlos en secuencias, y para obtener una secuencia. La regulación de ingeniendas es el proceso a través del cual un organismo afecta a los efectos espaciales y Diferencias temporales en los niveles de expresión génica. El conocimiento de los elementos regulatorios de CIS como actores clave en la regulación del génico es indispensable para la comprensión de este último y del desarrollo de organismos. La predicción se basa en grupos de motivos individuales y combinaciones arbitrarias de estos en motivos múltiples con distancias mínimas y máximas seleccionables. Los motivos individuales pueden ser de clases heterogéneas, como motivos de secuencia simples o matrices de puntuación específicas de posición. Las puntuaciones de clúster son ocurrencias ponderadas de múltiples motivos, donde los pesos se derivan de conjuntos de entrenamiento positivos y negativos. Requisitos: · Java 1.5 o posterior ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Se agregó el nuevo parámetro 'SearchDirection' para multimotivos definidos a través de archivos de opción · Se corrigió un error con motivos planos de triple y superiores que informan a algunos hits; Este error ocurrió raramente, pero no se produjo regulario y no se produjo para doubleMotifs o motivos compuestos no planos, consistencia de dobles motivos, tales como (PHO-DSP1) - (PHO-DSP1)

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