pknotsrg ARN plegable y coincidencia termodinámica
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pliegue arn Computación de ARN Carpeta de ARN carpeta pseudoknot pseudonudo

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ARN plegable y coincidencia termodinámica. PknotsRG es una herramienta basada en la línea de comandos gratuita y fácil de usar para plegar las estructuras secundarias de ARN, incluida la clase de pseudoknots recursivos simples. Los parámetros de energía para estructuras que contienen no pseudoknots son las mismas que en el MFOLD 3.1 real. La energía para Pseudoknots se calcula con un modelo similar al utilizado por Rivaseddy en Pkknots. La temperatura de plegado está fijada a 37C.Currentemente, hay tres modos diferentes disponibles: · PknotsRG-MFE: calcula la estructura de S (anudada o no) de energía libre mínima. · PknotsRG-ENF: Aplica un pseudoknot: entrega la energéticamente La mejor estructura completa de s que incluye al menos un pseudoknot en algún lugar. · PknotsRG-LOC: ofrece el mejor pseudoknot local que puede ser elemento de cualquier estructura de S, donde "mejor" se define por energía libre por nucleótido. Los restos de S permanecen desplegados. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Ya no es necesario que la biblioteca de recolector de basura ya · modo interactivo · Soporte para la entrada de archivo FASTA · Nueva opción -w: ventana deslizante · Nueva opción -s: ancho de salida para estructuras

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