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Aplicación multiplataforma para el análisis de MCMC bayesiano de secuencias moleculares. Bestia (análisis evolutivo bayesiano Los árboles de muestreo) es una aplicación gratuita y de código abierto para la inferencia evolutiva de Molecular Secuences.Beast es una aplicación multiplataforma para el análisis de MCMC bayesiano de secuencias moleculares. La bestia está completamente orientada hacia las filogenías de medidas al tiempo, se inferían utilizando modelos de reloj molecular estricto o relajado. Se puede usar un método de reconstrucción de filogenes, pero también es un marco para probar las hipótesis evolutivas sin condicionamiento en una sola topología de árbol. La bestia usa MCMC para promediar sobre el espacio de árbol, de modo que cada árbol se pida proporcional a su probabilidad posterior. Aquí hay algunas características clave de la "bestia": · Modelos de reloj molecular de velocidad constante. · Este es el modelo predeterminado. El árbol se puede calibrar especificando una tasa de mutación. · Modelos de reloj molecular de velocidad variable (relajados). · Implementa los modelos de reloj relajados no correlacionados de Drummond, Ho, Phillips y Rambaut (2006, PLOS Biology). Vea a continuación la citación completa. · Estimaciones de fecha de divergencia. · Se pueden estimar las fechas de divergencia para los ancestros comunes más recientes específicos (MRCA). · Secuencias no contemporáneas (! Tipdate) Modelos de reloj molecular. · Cuando las diferencias en las fechas asociadas con las secuencias comprenden una proporción significativa de la edad de todo el árbol, estas fechas se pueden incorporar en el modelo que proporciona una fuente de información sobre la tasa de sustitución. · Modelo de sustitución heterogeneidad en los sitios. · Se pueden especificar diferentes modelos de sustitución para diferentes conjuntos de sitios. Por ejemplo, cada posición de codón se puede permitir una matriz de sustitución diferente y un modelo gamma de heterogeneidad de la tasa. · Especificación modelo flexible. · El formato de archivo de especificación de modelo permite una flexibilidad considerable. Por ejemplo, es posible especificar que cada posición de codón tiene una tasa diferente, un grado diferente de heterogeneidad de la tasa, sino la misma relación de transición / transversión. · Gama de modelos de sustitución. · Bestia (análisis evolutivo bayesiano Los árboles de muestreo) es una aplicación gratuita y de código abierto para la inferencia evolutiva de las secuencias moleculares. · Elección flexible de los Priorts en los parámetros. · Cualquier parámetro se puede dar un anterior. Por ejemplo, la edad de la raíz del árbol se puede dar una exponencial antes con una media dada. · Modelos coalescentes de tamaño y crecimiento de la población. · Se pueden utilizar varios modelos de crecimiento de la población coalescente. En la actualidad, el tamaño constante y el crecimiento exponencial están disponibles, pero se agregará más pronto. Estos modelos básicamente actúan como prioridades en las edades de los nodos en el árbol, pero los parámetros (tamaño de la población y tasa de crecimiento) se pueden muestrear y estimar. · Modelos multi-locus coalescentes. · Se pueden administrar dos genes no simplificados el mismo modelo de población de coalescencia, pero un proceso de sustitución y un árbol diferente, lo que permite la producción de inferencia de múltiples locos coalescentes. · Modelos de reloj molecular de reloj local. · Permitir que diferentes clados en el árbol tengan tasas diferentes (o incluso, procesos de sustitución completamente diferentes). ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: Nuevas características: · Las versiones GUI de Bestia muestran un cuadro de diálogo para establecer varias opciones que, de lo contrario, solo están disponibles por la línea de comandos. Corrección de errores: · Cuestión 55: El registro de pantalla MCMC no funciona actualmente. · Cuestión 70: Belleza y partición en posiciones de codones · Número 72: Beauti debería limitarse los parámetros del modelo GTR · Número 122: CTRL-A en Beauti -> Excepción · Número 127: Panel anterior de Beauti, anterior superior e inferior no se muestra · INFINITO · Número 128: Beauti: Árbol El crecimiento logístico previo no está disponible para · Calibración · Número 146: Beauti: modelo de covarion binario · Número 169: Editar el nombre del nombre del archivo en Beauti causa la inserción · Punto para saltar al final. · Número 173: Beauti: Excepción parcialmente enlaces · Número 181: Beauti: necesita una mejora del comportamiento predeterminado al agregar · Alineación adicional después de desvincular a todos · Número 193: Diagnóstico de convergencia mejorada: calcular el tamaño efectivo de · Carreras combinadas concatenando las muestras. · Emisión 194: Beauti: Excepción de configuración previa al cambiar el valor · Número 199: TRACER muestra solo la primera entrada de archivo de registro cuando múltiples · Las entradas tienen el mismo nombre. · Número 201: Editar el nombre del nombre del archivo en el panel MCMC causa el punto de inserción · Saltar al final. · Emisión 202: Construir scripts que producen clases JDK 1.6 para que la distribución falle · En máquinas con JDK 1.5 · Emisión 203: Lanzamiento de errores que afecta el enlace del nucleotidelikelihoodcore.dll · Número 204: Beauti: Tree Prior Tamaño constante no funciona para la calibración del nodo · Emisión 205: INFORMACIÓN DE TITLOS Desapareció en la consola utilizando Windows · Parámetros para correr bestia · Emisión 209: Dosis de patógenos no compilada · Número 211: Beauti: el modelo de sitio de aminoácidos XML es incorrecto · Número 212: Bestia Versión Linux: Necesito Chmod 755 * · Número 215: Las asignaciones de memoria predeterminadas para el embalaje de Mac son demasiado pequeñas · Número 216: Las asignaciones de memoria predeterminadas para el embalaje de Linux son demasiado pequeñas · Número 217: Problemas con el embalaje Mac OS X · Número 218: Diálogo de opciones de BeastMain que da un error "Valor de entrada ilegal · Debe estar entre 1 y 21474863647 " · Número 220: Los scripts de Shell para iniciar Bestia en la línea de comandos no pueden hacer frente · Con espacios en el camino. · Número 221: Vuelva a carecer de los operadores de modelos de sustitución en Beauti · Número 222: Nombramiento de 'Treelikeliod' cuando solo 1 partición · Número 223: Establezca el nombre del archivo 'Análisis del operador' como un atributo en · Elemento MCMC · Número 225: TreepArtitionCoalescente no existe · Número 226: Los analizadores en Renote_Parsers.Properties deben actualizarse · Número 227: Fix BeStDoc para generar la etiqueta DOC para los usuarios de Bestia · Número 229: Otro fallo del marco de prueba · Número 231: retrasar el inicio de la medición del rendimiento hasta que después · Evaluación completa · Número 232: Mac (Windows?) La versión de Beast cierra la consola en el error · Número 234: Haz que el temido "el error inicial posterior es cero" un poco · Más amigable para depurar · Número 236: DR.EVOMODEL.OPERATORS.TRAITGIBBSOPERATOR está duplicado con · Posters en régimen_parser.properties o beastplarser.java · Número 237: Beauti: Taxon Set no Manejando la partición de varios árboles · Número 238: Namificación de 'patrones' cuando solo 1 partición · Número 240: Beauti: Las habitaciones de Treelikeliod deberían ser de incumplimiento · Como verdadero para Binay Covarion · Número 242: Beauti: Crea una casilla de verificación para elegir UEAMBIGUITIES EN · Treelikeliod para datos binarios · Número 244: URGENTE: Revisión previa predeterminada · Número 247: Beauti: XML incorrecto en las frecuencias que eligen el binario empírico · Modelo de covarion · Número 248: Excepción de Beauti (* Bestia) al vincular algunos taxones para un · Modelo de árbol por los diferentes taxones en total. · Número 250: Beauti: bloques de alineación incorrectos para el multicen al elegir · "Crear alineación vacía" · Número 253: Beauti Agregue una caja emergente para verificar los Priors predeterminados cuando · Haga clic en Generar el archivo bestial · Número 254: Beauti Generar Botón XML debe ser deshabilitado después de todos los datos · Partición eliminada · Número 255: Apague las advertencias de analizadores de forma predeterminada para la versión lanzada · Número 256: Beauti: Agregar comentario en XML "Skyride.LogPopsize is Log Unit · A diferencia de otras parcelas " · Número 257: Beauti: datos binarios y particiones múltiples no generan · El sitio de Sitemodel correctamente · Número 259: Beauti: Mac OS MCMC Panel Problema · Número 260: Beauti: correcto inglés · Número 261: Elemento de análisis de errores con ID NULL · Número 262: XML incorrecto de testcataclysmcoalescent.xml · Número 264: ImportException: error de formato de número para

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