Ammp Una moderna mecánica molecular con todas las funciones
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Ammp Clasificación y resumen

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Ammp Descripción

La aplicación AMMP se desarrolló para ser un moderno mecánico molecular completo, dinámica y programa de modelado. Puede manipular las moléculas pequeñas y las macromoléculas, incluidas las proteínas, los ácidos nucleicos y otros polímeros. Además de las características estándar, como la dinámica molecular numérica estable, el método de multipolo rápido para incluir a todos los átomos en el cálculo de los potenciales de largo alcance y los optimizadores estructurales robustos, tiene una opción flexible de potenciales y una capacidad simple pero poderosa para manipular moléculas y analizar individuos. Términos de energía. Una ventaja importante sobre muchos otros programas es que es fácil introducir enlaces de polímeros no estándar, ligandos inusuales o residuos no estándar. Agregar a los átomos de hidrógeno faltantes y completar estructuras parciales, que son difíciles para muchos programas, son sencillas en AMMP. AMMP solo entiende su propio idioma. Lea un archivo de coordenadas existente compilando en el idioma de AMMP. El programa PreamMP (Prewin) hace esto. PreamMP se puede ejecutar por sí sola, o se llama desde el menú Archivo en AMMP95. El preammp que requiere varias entradas. Se le solicitará a cada uno de ellos con un menú de opción de archivo de Windows. Si no le gusta, simplemente cancele la ventana e ingrese el nombre de archivo en la ventana del hombre anterior (esto es más simple que para describir). Cuando no tiene un archivo, como al generar coordenadas desde cero, deberá cancelar el menú de la opción de archivo de Windows y luego ingresar la ventana principal. PreamMP solo trabaja un residuo a la vez. Deberá suministrar el enlace de intermonomía en un polímero. Se suministran scripts como Peplink.Amp (para proteínas) y ndick.amp (para el enlace estándar de ADN / ARN). Estos se generaron generando la plantilla para el dímero y extrayendo los términos apropiados. También son un buen lugar para ver cómo manipular los átomos y los potenciales en un guión automático. Para crear una nueva molécula, debe definir primero una plantilla. Luego ejecuta preammp. Cuando PREAMMP solicita un conjunto de coordenadas, no ingrese ningún nombre de archivo. A diferencia de la funda de molécula existente, PreamMP no podrá buscar automáticamente el tipo de molécula de las coordenadas. Por lo tanto, se le pedirá que ingrese un nombre de molécula. Esto se limita a tres caracteres para caber en formato PDB. (Lo siento por eso, pero así es como es).

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