Análisis y visualización de señalización.

Un software para calcular el agrupamiento, el diámetro, la distribución de la conectividad y la detección y visualización de motivos de red
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Análisis y visualización de señalización. Clasificación y resumen

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  • Mount Sinai School of Medicine Iyengar Lab
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  • Windows All
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Análisis y visualización de señalización. Etiquetas


Análisis y visualización de señalización. Descripción

El proceso de descubrimiento de las vías de transducción de señales celulares ha alcanzado una etapa donde las vías se combinan para formar grandes redes de interacciones. Visualización de proteínas-proteínas y interacciones de ligando-proteína como gráficos (redes) donde las bio-moléculas se representan como vértices (nodos) y las interacciones se representan como bordes (enlaces) es un método útil para consolidar y organizar la evidencia experimental de múltiples fuentes para lograr el sistema. -Elvel comprensión de cómo los vías controlan los fenotipos celulares. La aparición de conjuntos de datos de redes a gran escala hechas de componentes e interacciones celulares proporciona la oportunidad de análisis topológico estadístico y el desafío de la visualización de la red. Los métodos de la teoría del gráfico aplicados a los sistemas complejos en otros campos también se aplican para analizar las redes celulares bio-moleculares. SAVI es un programa de escritorio que implementa métodos estándar para calcular el agrupamiento, el diámetro, la distribución de la conectividad y la detección y visualización de motivos de red. Además, Savi genera un sitio web completo de los conjuntos de datos de red en formato de texto. SAVI contiene una herramienta llamada PathwayGenerator. Esta herramienta crea mapas de conexión de señalización como páginas web de grandes conjuntos de datos de interacciones. SAVI también puede generar una red de interacciones cuando se le administra una lista de nombres de genes humanos.


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