Biokanga Suite de aplicaciones de bioinformática de alto rendimiento
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Biokanga Clasificación y resumen

Biokanga Etiquetas

Analítica secuencia bioinformática

Biokanga Descripción

Biokanga es una colección de aplicaciones de bioinformática de alto rendimiento dirigidas a los desafíos de la analítica de secuenciación de próxima generación. Kanga es un acrónimo que está de pie para 'K-Mer Adaptive Adaptive Generation Aligner' y es la aplicación principal. Biokanga es un alineador de lectura corta altamente eficiente que incorpora una comprensión de derivación empíricamente de la singularidad de la secuencia dentro de un genoma objetivo para permitir la alineación robusta de los conjuntos de datos de lectura corta de secuenciador de próxima generación en cualquier espacio de colores (ABI SOLID) o Basespace (Illumina). En comparación con otros alineadores ampliamente utilizados, Biokanga proporciona ganancias sustanciales tanto en la proporción como en la calidad de la secuencia alineada, se lee a la eficiencia computacional competitiva o mayor. A diferencia de la mayoría de los otros alineadores, Biokanga utiliza las distancias de la homicería entre las alineaciones putativas en el conjunto del genoma objetivo para cualquier lectura dada como los criterios de aceptación discriminatoria en lugar de confiar en las puntuaciones de calidad de origen secuenciador. KANGADNA es el componente principal de un kit de herramientas de dos partes adicionales dirigido hacia el conjunto de novo de conjuntos de datos de lectura cortos de NGS. El componente secundario, KangahRDX (K-Mer Adaptive Adaptive Gen Alinemer Reducción de homocigosidad) se dirige principalmente a los transcriptómicos de RNA-SEQ, por lo que la transcripción las isoformas resultan en muchas regiones de intercambio de contigs montadas de alta identidad, lo más probable es que los exones constituyentes. Componentes del conjunto de herramientas: kangax Se utiliza para generar una base de datos de búsqueda de matriz de sufijo extremadamente optimizada que contiene el conjunto del genoma de referencia contra el cual se alinearán posteriormente los conjuntos de datos de lectura cortos NG. cange Este es el componente opcional, que se puede usar para pre-procesar los conjuntos de datos de lectura corta NG en un formato que se optimiza para una carga rápida y eficiente por el alineador de KANGA. kanga Kanga es el componente alineador. Sus entradas principales son la base de datos de ensamblaje del genoma de referencia según lo generado por KANGAX, y un conjunto de datos preprocesado de Kangar o los archivos RAW FASTA / FASTQ Readset. La salida principal de KANGA son las alineaciones en uno de varios formatos de salida seleccionados por el usuario. kangadna Kangadna es un ensamblador Greedy de Novo multifase con el objetivo primordial de ofrecer contigs de calidad de confianza más altos, incluso si esta cualidad se obtiene al costo de las medidas convencionales de lapso reducido y / o contigio. Kangadna ensambla de forma nativa, se lee la base o el espacio de colores (sólidos). kangahrdx KangaHRDX procesará las secuencias de contigiones e identificará las regiones que son homocigóticas entre contigios. Las regiones identificadas se eliminarán de todas las contigias más largas, lo que resultará en contigs que son más hélices. Esto puede ayudar en el análisis del transcriptoma de Deno Novo RNA-SEQ o en el ensamblaje de los genomas poleploidicos de Novo. En general, KANGAHRDX se ejecutará en los contigs generados por KANGADNA o algún otro ensamblador, la única restricción significativa es que la entrada debe ser BASESPACE y NO COLORSPACE.

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