Circonspect para crear espectros de contig
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Circonspect Clasificación y resumen

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Circonspect Descripción

Circonspect, también conocido como, se creó el control en la investigación sobre los espectros de contig) para generar espectros de contigio que se basa en el ensamblaje de subconjuntos aleatorios de metagenomas. Los espectros de contig pueden entonces ser modelados aguas abajo para obtener estimaciones de diversidad (por ejemplo, con PHACCS). Se pueden crear diferentes tipos de espectros de contigs: el espectro de contigs estándar para la diversidad alfa, el espectro de contigs mixto, para la diversidad gamma y el espectro de contigio cruzado, para la diversidad beta. La construcción de un espectro de contigio cruzado requiere construir un espectro de contigio mixto, que requiere crear espectros de contiguo normal basado en varios metagenomas seleccionados (archivos FASTA). Circonspect utiliza una base de datos de secuencia indexada para almacenar datos temporales. Cualquier programa de ensamblaje que admita una longitud mínima de superposición y se adapte la similitud; En este momento, se admiten Minimo, Tigrisn, ensamblador, LIGR, CAP3 y más nuevos. Cuando se realizan múltiples repeticiones (bootstrapping), el espectro de contigio promedio es calculado. El usuario puede controlar el tamaño de las secuencias recortándolas a una longitud dada y eliminando secuencias más pequeñas que un umbral.

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