Cmview Contacto Mapa Visualización hecho fácil.
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Cmview Clasificación y resumen

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Cmview Descripción

CMView es una aplicación de visualización y análisis de contactos interactivos, fácil de usar, a base de java, de forma fácil de usar. CMView es una herramienta de software para visualizar y analizar la red de contactos entre los residuos de aminoácidos en una estructura de proteínas. Formalmente, esta red es un gráfico donde cada residuo corresponde a un nodo y dos nodos están conectados por un borde si y solo si los dos residuos están en contacto. Se considera que dos residuos están en contacto si se cierran espacialmente en la estructura tridimensional. En CMView, la definición de contacto se especifica mediante dos pareméteres: el tipo de contacto y el corte de distancia. El tipo de contacto define un subconjunto de átomos del residuo. Dos residuos I y J están en contacto si dos átomos salen de este subconjunto, uno de I y uno de J, no están más separados que el corte de distancia. La representación de la red de contacto como matriz (formalmente, la matriz de adyacencia del gráfico de contacto) se llama mapa de contacto. Principales características: Mapa de contacto combinado y visión de la estructura 3D (usando Pymol) Varias opciones de IM y exportación: archivos PDB, PDB en línea, exportación de imágenes, formato de predicción de CASP y otros Cálculo de mapas de contacto con definiciones de contacto definidas por el usuario Integración con Pymol para visualización molecular 3D rica en características Estructura y comparación de mapa de contacto utilizando secuencia incorporada o alineaciones estructurales Mapa de distancia, mapa de diferencia, análisis de densidad de contacto

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