Fastaja Una aplicación de comparación de proteínas o nucleótidos rápida
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Fastaja Descripción

FASTA es una suite de aplicación completa que se puede utilizar para una comparación rápida de proteínas o nucleótidos. Este programa logra un alto nivel de sensibilidad para la búsqueda de similitud a alta velocidad. Esto se logra realizando búsquedas optimizadas para alineaciones locales utilizando una matriz de sustitución. La alta velocidad de este programa se logra utilizando el patrón observado de los hits de Word para identificar las posibles coincidencias antes de intentar la búsqueda optimizada de mayor tiempo. La compensación entre la velocidad y la sensibilidad está controlada por el parámetro KTUP, que especifica el tamaño de la palabra. Aumentar el ktup disminuye el número de éxitos de fondo. No se investiga cada golpe de palabras, sino que, en cambio, se busca inicialmente el segmento que contiene varios hits cercanos.

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