FastML fue desarrollado para ser un programa para calcular las secuencias ancestrales de aminoácidos de un árbol filogenético. Uso: FastML usa banderas en los argumentos de la línea de comandos: -Para ayuda, escriba "Fastml.exe -H" -s seq.aln = el nombre del archivo de entrada de secuencia. -t Tree.txt = El nombre del archivo de árbol de entrada (Formato Newick). El programa reconoce automáticamente alguno de estos formatos de secuencia: PHYLIP, MOLFY, FASTA, MASE, Clustal o Nexus. Use la opción -M para elegir un modelo. Se admiten los siguientes modelos (para aminoácidos): Día, JTT, REV, CPREV, WAG, JC. Para los nucleótidos, actualmente solo se admite el modelo JC. El modelo predeterminado es el JTT.
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