Gnlab para el análisis de red genéal a gran escala
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Gnlab Clasificación y resumen

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análisis Tubería SSIS estructura rendimiento computacional eficiencia computacional tubería geometría Computacional computacional tubería personalizada Modelo computacional red grande Tubería automática Implementaciones a gran escala Finanzas computacionales Componente computacional Cálculo biológico astronomía computacional Daisy Pipeline Penélope Cruz Wallpaper química computacional análisis genético generar una nube a gran escala Análisis de gen de microarray Análisis de expresión génica problema computacional potencia de cálculo Tester de tuberías Componente de prueba de tuberías Decodificar tubería Neurociencia Computacional moda de la tubería red de proteínas de reacción genética Enfoque computacional crear red genética generador de redes genéticas Análisis de genes de codificación de proteínas tubería de análisis Análisis de datos genéticos generar obras de arte computacional Simular el crecimiento de la red genética generar red genética Análisis de datos de frecuencia genética Análisis de filogenes grandes. Tubería computacional El análisis a gran escala Estructura estática Inteligencia Computacional Tubería de segmentación Análisis de gen modificador Análisis de datos de expresión génica Tubería de procesamiento Gran escala AVG Firewall gratis avipreview ares .snd al texto bucles afrutados dj conductor de televisión de alta definición incend software de autopartes Descargar video mezclador Alif Baa Quran Teclado táctil V1.0 iBall Pen Drive Explorador de archivos 2690 viento del servidor ssh

Gnlab Descripción

El nombre de GNLAB representa el laboratorio virtual de la red Gene. GNLAB se desarrolló para ser una herramienta de bioinformática novedosa para el análisis a gran escala de las redes reguladoras de genes (GRN). Esta herramienta de línea de comando C ++ admite el análisis tanto de la estructura estática como de un comportamiento dinámico de un GRN. GNLAB se desarrolla para apoyar el diseño e implementación de experimentaciones computacionales repetibles a gran escala en GRN. GNLAB consta de componentes separables para generación de red, simulación, análisis, visualización, comparación e inferencia. A través del uso de un script definido por el usuario, estos componentes se pueden canalizar para construir una tubería de análisis GRN. Cada componente puede ser invocado por una opción de línea de comandos. Principales características: Generación de la red: Tres modelos de crecimiento de la red están disponibles en GNLAB. La red aleatoria puede generarse por el modelo ERDOS-RENYI (-R), el modelo sin escala (-F) o el modelo Charleston-HO (-G). El modelo Charleston-HO es un modelo de crecimiento de la red recientemente propuesto que se basa en procesos de conocimientos conocidos en la evolución del genoma. Se muestra que este modelo captura la estructura topológica detallada del Real GRN (HO y Charleston, en preparación). Visualización de la red: GNLAB puede producir archivos de entrada para Graphviz, Geomi y Costoscape. Esta funcionalidad puede ser invocada por la opción de línea de comandos -v. Simulación de la red: Usando la cinética de la colina, el patrón de expresión génica de un GRN se puede simular deterministica o estocásticamente. Los datos para el perfil de expresión de genes de la serie de tiempo se pueden generar invocando la opción de línea de comandos -t. Los datos simulados se almacenan en un archivo de texto con una extensión ".data". Tres tipos de conjuntos de datos de microarrays pueden ser simulados por GNLAB: serie de tiempo, perturbación de genes y conjuntos de datos específicos de condición. La opción de línea de comandos, se utiliza para invocar una simulación de datos de microarrays. Análisis de la red: La estructura estática de un GRN se puede cuantificar mediante una colección de características topológicas de red. Se calcula un conjunto de 11 características topológicas en GNLAB. Comparación de la red: La similitud topológica entre dos redes con el mismo número de nodos se puede calcular en GNLAB. Se invoca una comparación de red a través de la opción de línea de comandos -c. Un resumen de una línea de las diferencias topológicas entre las dos redes se emite a la consola. INFERENCIA DE RED: GNLAB no realiza la inferencia de la red directamente. Sin embargo, permite el conjunto de datos de microarrays que genera para convertirse en el formato de entrada de Aracne y Banjo. Este proceso se invoca por la opción de línea de comandos -d.

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