Ideogrambrowser

Una herramienta de Java para la visualización de las aberraciones genómicas utilizando las matrices SNP Affymetrix
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Ideogrambrowser Clasificación y resumen

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  • Rating:
  • Nombre del editor:
  • Hans A. Kestler & André Müller
  • Sitio web del editor:
  • Sistemas operativos:
  • Windows All
  • Tamaño del archivo:
  • 18.8 MB

Ideogrambrowser Etiquetas


Ideogrambrowser Descripción

El Ideogrambrowser se puede usar para comparar fácilmente un conjunto de archivos de salida de la herramienta Affymetrix Chromosome Copy Number Analysis. La pérdida de heterocigosidad (LOH) o los marcadores de pérdida / ganancia se trazan contra su correspondiente región cromosómica en una representación cariotípica junto con los genes. Características: * Trazado de marcadores SNP en un gararograma (siempre nuevo generado desde la tabla de ideogramos de la base de datos MAPVIEW BUILD 6.2 NCBI). Consulte el Apéndice A para cambiar la base de datos predeterminada. * Los tamaños de la matriz SNP de 10k, 50k, 100k y 500k se pueden importar desde la herramienta Affymetrix Copy Number Analysis (CNAT 3 y CNAT 4) directamente en el formato de archivo CNT (versión 1.0 y 1.1). * Se puede importar un formato de archivo de texto delimitado por la pestaña General para importar datos extranjeros (por ejemplo, generada por una aplicación de hoja de cálculo, como Microsoft Excel). Por lo tanto, el software no se limita a las matrices SNP Affymetrix y la herramienta Affymetrix Copy Number Analysis (CNAT 3 y 4). El análisis SNP se puede combinar por ej. con datos de matriz CGH. El nuevo formato CNAT 4 divide los marcadores LOH en un segundo archivo. Si los archivos tienen el mismo prefijo, los archivos LOH se cargan automáticamente al abrir un archivo Número de copia (CN). * Trazado de marcadores de genes desde una copia local de la base de datos MAPVIEW de NCBI (Build 36.2) * Procesamiento por lotes / importación de archivos múltiples. Fusión de archivos divididos. * Umbralización de Log2RATIOS, LOH (pérdida de heterocigosidad), SPA (Número de copia de análisis de punto único) y valores de GSA (número de copia alisado genoma) para la generación de marcadores (este último solo está disponible para fichas con más de 10K SNPS). * Reducción de ruido a través de la funcionalidad de filtrado. * Representación de la región de Conenso. * Enlaces a http://www.genecards.org * Exportar a Formato JPG, SVG y PDF. * Funcionalidad de impresión (la impresión puede no funcionar bajo Linux en combinación con tazas: este es un problema de Java 1.5 / CUPS: exporte los diagramas como PDF e imprimir E.G. con Acrobat Reader) * Etc. etc.


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