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Investigador de proteínas Descripción

Muchos ejercicios de laboratorio utilizan software de visualización molecular que permite a los estudiantes 'ver' una proteína en su forma 3-dimensional completa y hacer hipótesis sobre las interacciones entre varias cadenas laterales. Sin embargo, estos programas no permiten a los estudiantes probar sus hipótesis porque el software de visualización molecular no permite que los estudiantes realicen cambios en la secuencia de proteínas y observe sus efectos en la estructura y la función de la proteína. Protein Investigator es una herramienta muy útil diseñada para dar a los usuarios la oportunidad de explorar de manera interactiva la estructura de proteínas y la función en un sistema simplificado. Este es un modelo altamente simplificado de plegado de proteínas. No está destinado a predecir las estructuras correctas de ninguna proteína; Está diseñado para ilustrar los principales principios involucrados en ese proceso. Principales características: Los aminoácidos tienen cadenas laterales de una capacidad de hidrofobicidad, carga e hidrógeno variable. Los aminoácidos se reconectan en una cadena no ramificada que puede doblar. Los aminoácidos hidrófobos tienden a evitar el agua que rodea la proteína; Los aminoácidos hidrófilos se unirán al agua. Los aminoácidos que pueden formar enlaces de hidrógeno tenderán a formar enlaces de hidrógeno si pueden. Los aminoácidos cargados positivamente tenderán a formar enlaces iónicos con aminoácidos cargados negativamente si pueden. Los aminoácidos cargados se repelerán mutuamente si pueden. Las interacciones iónicas son más fuertes que los enlaces de hidrógeno, que son más fuertes que las interacciones hidrófobas. Las proteínas se pueden plegar bajo oxidación (enlaces de disulfuro en) o reduciendo (enlaces disulfuro) condiciones.

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