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PDB2PQR está diseñado como una aplicación basada en Python que automatiza muchas de las tareas comunes de preparación de estructuras para cálculos de electrostáticos continuos. PDB2PQR es una utilidad independiente de la plataforma para convertir archivos de proteínas en formato PDB a formato PQR. Las tareas proporcionadas incluyen: · Agregando un número limitado de átomos pesados que faltan a las estructuras biomoleculares, · Determinar la cadena lateral PKA, · Colocando hidrogenas faltantes, · Optimizando la proteína para la unión de hidrógeno favorable, · Asignación de parámetros de carga y radio de una variedad de campos de fuerza.

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