Prodigio Paquete de Python de código abierto para análisis de dinámica estructural de proteínas
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Paquete de Python de código abierto para analizar la dinámica estructural de proteínas PRODY es un paquete gratuito y de Python de código abierto para analizar la dinámica estructural de proteínas. Permite un análisis cuantitativo de conjuntos de datos estructurales experimentales heterogéneos y comparación con la dinámica conformacional predicha teóricamente. Está diseñado y desarrollado por Ahmet Bakan en Bahar Lab en la Universidad de Pittsburgh. La entrada para PRODY son las coordenadas atómicas de la proteína de la consulta en formato de archivo PDB, o simplemente la ID de PDB o la secuencia de aminoácidos de una sola letra de la proteína. Los analizadores de productos rápidos y flexibles se utilizan para recuperar el conjunto de datos correspondiente de los archivos PDB del servidor PDB FTP y extraer sus datos de coordenadas y otra información relevante. Produce PRODY los patrones dominantes en la variabilidad estructural extraída por el análisis de componentes principales (PCA) de los conjuntos de datos experimentales, y los modos normales que describen la dinámica intrínseca de las proteínas predichas por el análisis de modo normal (NMA) basado en modelos de red elástica (ENMS).

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