SEC-GEN simula la evolución de las secuencias de nucleótidos o aminoácidos
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SEC-GEN Clasificación y resumen

SEC-GEN Etiquetas

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SEC-GEN Descripción

Seq-Gen se desarrolló para ser un programa que simulará la evolución de las secuencias de nucleótidos o aminoácidos a lo largo de una filogenia, utilizando modelos comunes del proceso de sustitución. Se implementan una gama de modelos de evolución molecular, incluido el modelo de reversible general. Las frecuencias estatales y otros parámetros del modelo se pueden administrar y la heterogeneidad de tasa específica del sitio también puede incorporarse de varias maneras. Se puede leer cualquier número de árboles y el programa producirá cualquier número de conjuntos de datos para cada árbol. Por lo tanto, se pueden crear fácilmente conjuntos grandes de simulaciones replicadas. Ha sido diseñado para ser un simulador de propósito general que incorpora la mayoría de los modelos de evolución de secuencia molecular de la secuencia molecular de uso común. SEQ-GEN es un programa controlado por la línea de comandos escrito en ANSI C. Debe compilarse y ejecutarse fácilmente en cualquier sistema de UNIX o estación de trabajo. Este documento describe el uso de SEC-GEN en una máquina UNIX. La aplicación requiere una cantidad de memoria proporcional al tamaño de cada conjunto de datos de secuencia simulada. Ejecución de SEC-GEN Para ejecutar seq-gen, escribe: SEQ-GEN <> Donde son ​​los parámetros para el programa (que se describe a continuación), es el archivo de árbol y es el nombre del archivo que contendrá las secuencias simuladas. El archivo de árbol debe contener uno o más árboles en formato PHYLIP. Las secuencias producidas por SEQ-GEN se escriben en la salida estándar (y, por lo tanto, pueden redirigirse al archivo de salida usando> ). Otra información y resultados se escriben en el error estándar y, por lo tanto, aparecerán en la pantalla.

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