Sammate Procesar archivos SAM con esta aplicación.
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Sammate Clasificación y resumen

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Sammate Descripción

Sammate es una herramienta práctica y fácil de usar especialmente diseñada para los archivos SAM de procesamiento rápido para automatizar algunos de los procedimientos más estándar en el análisis de datos RNA-SEQ. Uso de archivos de anotación estándar o personalizados, SamMate permite a los usuarios calcular con precisión la cobertura de lectura corta para cualquier intervalos genómicos. En particular, para los datos de RNA-SEQ, Sammate calcula con precisión las puntuaciones de abundancia de expresión génica para cualquier intervalos genómicos personalizados mediante el uso de lecturas cortas que se originan tanto en exones como de las uniones de Exon-Exon. Sammate también calcula rápidamente un mapa de señales de todo genoma en la resolución de bases, que es la entrada requerida para resolver una matriz de problemas de bioinformática. Sammate exporta un archivo de maduras para la visualización de alineación en el navegador del genoma de UCSC y un informe de estadísticas de alineación. Sammate es compatible con tecnologías de secuenciación de extremo individual y pareado. Principales características: Cálculo de la puntuación de abundancia de características genómicas usando datos de ARN-SEQ Generando el mapa de la señal para la detección máxima Generando archivos de muevas para la visualización Generando informe de alineación Personalizar el archivo de anotación de genes Personalizar el nombre del cromosoma en el archivo de salida

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