Snoopcgh Un espectador de datos de hibridación genómica.
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Snoopcgh Clasificación y resumen

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Snoopcgh Descripción

Snoopcgh es un programa de escritorio de Java, diseñado para ayudarlo a visualizar y explorar datos de hibridación genómica comparativa (CGH). El software permite al usuario analizar de forma interactiva varios conjuntos de datos simultáneamente. La entrada se basa en un formato de tabulación, espacio o delimitado por comas, que contiene series de valores de intensidad de registro correspondientes a una o más comparaciones o muestras. Snoopcgh proporciona parcelas CGH con zoom ilimitado (en ambos ejes) que se pueden explorar de forma interactiva con el mouse. El uso de múltiples capas, que se puede apilar y combinar, facilita la visualización de los datos. Es posible aplicar varias capas a una parcela para filtrar las proporciones de CGH o realizar un análisis estadístico en las regiones de interés. Se han implementado métodos de análisis y habilitan la visualización rápida y la disección de variaciones estructurales putativas (SVS). En particular, los datos se suavizan utilizando un algoritmo basado en las wavelets de Haar, y las islas de SVS potenciales se estiman utilizando SW-ARRAY. Eliminamos los valores atípicos antes de la estimación para aumentar la robustez y estimamos los niveles de importancia estadística y la robustez de los SV putativos que usan permutaciones. Esta cuantificación de SVS putativos conduce a la capacidad de clasificar las regiones de interés. Otros algoritmos de detección de SV podrían integrarse en el futuro. Una característica poderosa de Snoopcgh es su capacidad para interactuar con archivos de anotación descargables de los navegadores genómicos, que incluyen información sobre los nombres de los genes y las características genómicas. El usuario tiene una representación visual de las anotaciones al pie de la parcela y puede acceder fácilmente a la información textual detallada haciendo clic en ellos o por búsqueda textual. Se incorporan enlaces directos a los principales navegadores genómicos.

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