Bambe Análisis bayesiano en biología molecular y evolución
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Bambe Descripción

El nombre Bambe significa análisis bayesiano en biología molecular y evolución. Bambe se desarrolló para ser un paquete de software gratuito para el análisis bayesiano de las filogenes. El paquete incluye programas para analizar datos de secuencia de ADN o ARN alineados y permite a los conjuntos de datos con brechas o sitios indeterminados. El programa principal utiliza una variedad de algoritmos de Hastings Metropolis a muestra de la distribución de la articulación posterior de los parámetros de los árboles filogenéticos y el modelo de probabilidad. Otros programas en la ayuda de distribución en el análisis de los árboles de muestreados y valores de parámetros. Nota: A todos se les otorga permiso para copiar y usar este paquete de software y la documentación que se acompaña para uso académico personal Principales características: Una elección de modelos de probabilidad. HKY85 (Hasegawa-Kishino-Yano, 1985) F84 (según lo implementado en Filip Filip de Felsenstein) TN93 (TAMURA-NEI, 1993) Una elección de los muestreadores de Hastings Metropolis para proponer nuevos árboles filogenéticos (incluida una nueva versión de distribución beta escalada de LOCAL). Metropolis-Hastings muestreadores para proponer nuevos parámetros de modelo. La elección de muestreadores separados para quemar e inferencia. Especificación flexible de las categorías del sitio con valores de parámetros separados para cada categoría de sitio. Una opción para inicializar la búsqueda en un árbol aleatorio, el árbol UPGMA, el árbol de unirse al vecino o un árbol definido por el usuario. Dos formatos (Bambe y Newick) para leer y escribir árboles. HTML Ayuda Archivos. Monitoreo gráfico en tiempo real del árbol y los parámetros del modelo.

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