Antepasado inferencia de secuencias de aminoácidos ancestrales por el método bayesiano basado en la distancia
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Antepasado Descripción

La aplicación Ancestre fue diseñada para inferir secuencias de aminoácidos ancestrales a partir de un conjunto de secuencias de aminoácidos homólogos cuyas relaciones filogenéticas se conocen. Este paquete contiene un programa: Ancestor.exe, que está escrito en lenguaje C. Para usar el programa, necesita un archivo de entrada que contenga las secuencias de aminoácidos y la topología de árbol de estas secuencias (consulte Lysozyme.aa para un ejemplo). Este archivo comienza con dos números: el número de secuencias y el número de sitios de aminoácidos (longitud de secuencia). La segunda línea será el nombre de la primera secuencia, y la tercera línea será la primera secuencia, y así sucesivamente. Solo se permite el código de una letra (capitalizado) para los 20 aminoácidos en las secuencias. Las secuencias deben estar alineadas y las brechas o cualquier otro símbolo se eliminen ya. La última línea del archivo es la topología de árbol de las secuencias. El formato de árbol es el mismo que el utilizado en el paquete PHYLIP (Felsenstein 1995). Tenga en cuenta que el árbol no está enrojecido, por lo que se requiere la trificación en lugar de la biferación para el nodo de ramificación más profundo

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