Apedro Buscar archivos PDB para alineaciones estructurales de proteínas candidatas
Descargar ahora

Apedro Clasificación y resumen

Apedro Etiquetas

proteína secuencia Pdb Alineación de proteínas

Apedro Descripción

El prodar, también conocido como el radar de proteínas se construye como una herramienta de búsqueda que consulta la PDB para alineaciones estructurales candidatas. La entrada a la búsqueda es una estructura de la red troncal de proteínas leída a partir de un archivo PDB estándar (texto), y los resultados devueltos se basan únicamente en la similitud estructural de la columna vertebral sin ningún problema a la información de secuencia. El PRODAR identifica las coincidencias parciales, de modo que una sección relativamente pequeña de la estructura de la consulta se puede coincidir con las secciones de otras estructuras en la PDB, independientemente del tamaño relativo de las cadenas. La intención es que la herramienta identifique automáticamente los dominios y motivos comunes en estructuras de proteínas de forma diferente. Estos pueden estar alineados estructuralmente en una herramienta diferente para encontrar un RMSD (PRODAR solo hace sugerencias).

Apedro Software relacionado