BN-BS Longitudes de rama de estimación en términos de sustituciones sinónimo y sinónimo
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BN-BS Clasificación y resumen

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Estimar Estimacion Consolidación de la sucursal rama estrategia de sucursal Rama ActiveX comparación de sucursales Tasa de no sinónimo distancia sinónimo distancia no sinónimo Distancia radídica radical Sustitución sinónimo Sustitución no hídón Estimación de longitud de la rama Longitud de rama Nombre de la rama de código Sucursal de código rama de la biblioteca acceso de rama sinónimo

BN-BS Descripción

La aplicación BN-BS se desarrolló para estimar las longitudes de la sucursal en términos de sustituciones sinónimos y sinónimos por sitio, mientras que se da la topología de árbol. El programa utiliza el método Nei-Gojobori modificado para estimar las distancias sinónimos y sinónimos entre las secuencias actuales y luego estiman las longitudes de la rama y sus variaciones mediante el uso del método de mínimos cuadrados ordinarios. Para usar el programa, necesita un archivo de entrada que contenga las secuencias de ADN de codificación de proteínas (consulte el Infile para un ejemplo). Este archivo comienza con dos números: el número de secuencias y el número de nucleótidos por secuencia (longitud de secuencia). La segunda línea será el nombre de la primera secuencia, y la tercera línea será la primera secuencia, y así sucesivamente. Solo se permiten A, G, C, T, A, G, C y T en secuencias. Las brechas deben eliminarse y las secuencias deben estar alineadas de antemano. La última línea del archivo es la topología de árbol de las secuencias. El formato de árbol es el mismo que el utilizado en el paquete PHYLIP (Felsenstein 1995). Tenga en cuenta que el árbol no está enrojecido, por lo que se requiere la trificación en lugar de la biferación para el nodo de ramificación más profundo

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