Bamarray Análisis bayesiano de varianza para microarrays
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Bamarray Clasificación y resumen

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Bamarray Descripción

Bamarray es una aplicación avanzada y profesional que implementa el Bam Tehcnique. BAM es una nueva técnica estadística para detectar genes expresadores de diferencial de datos de microarrays. En el corazón del método hay un tipo especial de técnica de detección de señales que caliza la señal falsa al dejar una señal real sola. Los métodos estándar buscan genes al confiar en las estadísticas de prueba elementales utilizando datos de un gen a la vez (como las pruebas T, o los contrastes de los modelos ANOVA). Las listas de genes se obtienen mediante la filtración de estadísticas al intentar controlar el error general de tipo I, o la tasa de descubrimiento falsa, o filtrando utilizando un nivel de corte especificado por el usuario. BAM toma un enfoque fundamentalmente diferente y se enfoca en lugar de estimar el efecto diferencial de un gen mediante la sintetización de información en todos los genes simultáneamente. En lugar de filtrar los genes, los efectos estimados se asignan a los tipos de patrones. El mecanismo de detección de señales especiales de BAM se reduce a cero efectos estimados para los genes es poco probable que se exprese diferencialmente, y en consecuencia, los patrones de interés se vuelven altamente interpretables utilizando herramientas de visualización gráficas. Los patrones de interés pueden ser genes "hit-and run" que afectan a un sistema biológico por solo una cierta cantidad de tiempo, o genes involucrados en todo el proceso. BAM se aplica a los diseños experimentales de Multigroup, como los datos recopilados en diferentes etapas de una enfermedad. Otras aplicaciones incluyen perfiles de tiempo de expresión génica para datos de tiempo de tiempo, detección de atrevimiento, invariante se establece la normalización, las asignaciones de transcriptores de Atlas Gene, así como muchos otros problemas. Principales características: Bamarray es una aplicación Java fácil de usar que se ejecuta en diferentes sistemas operativos. Bamarray también se puede ejecutar desatendido en modo de lote iniciado por un archivo de script. El modo por lotes puede procesar varios archivos de datos secuencialmente y guardar el análisis resultante en el disco. La escritura de scripts diseñados a medida permite a los usuarios interactuar con diferentes tipos de software, como bioconductor y r. Bamarray tiene una función de Guardar Ejecución, lo que permite a los usuarios guardar los resultados de una ejecución para su posterior recuperación. Una carrera que puede tomar minutos para ejecutar se puede restaurar solo en segundos utilizando RESTORE ERR. Guardar correr también se puede activar en modo por lotes. Se acomodan diseños experimentales con grupos ilimitados. Las parcelas de visualización están disponibles para identificar tipos específicos de patrones genéticos. Bamarray clasifica automáticamente los genes en los patrones genéticos. Bamarray es casi automático, y libre de parámetros de ajuste complicados. La mayoría de los métodos estadísticos requieren un valor de filtrado especificado por el usuario para identificar genes significativos. Bamarray proporciona un valor automatizado. Las variaciones desiguales a través de los genes y los grupos experimentales se manejan sistemáticamente mediante una etapa de preprocesamiento automatizada que no amortigua artificialmente o amplifica las diferencias del grupo a través de los genes (como se ve con otras transformaciones, como los logaritmos). Las herramientas gráficas que utilizan ZOOM-IN y LASSOING permiten a los usuarios generar interactivamente listas de genes. Las etiquetas genéticas se pueden activar o desactivar o permitir que los genes de interés se identifiquen fácilmente. Los genes específicos se pueden resaltar utilizando una lista desplegable o al rellenar una lista de seguimiento de las etiquetas genéticas que se encuentran en un archivo existente. Las listas de genes pueden ser exportadas. Las listas de exportación se pueden automatizar utilizando el modo por lotes. Las figuras se pueden guardar como gráficos de colores de calidad de publicación. Las parcelas para probar las suposiciones subyacentes del modelo se incluyen como parte de la suite gráfica. Soporta JRE 6.

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