Cargador de base de datos WPDB Analizar la estructura 3D de macromoléculas biológicas rápidas y fáciles.
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Cargador de base de datos WPDB Clasificación y resumen

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Cargador de base de datos WPDB Descripción

El cargador de base de datos WPDB es una herramienta práctica y fácil de usar especialmente diseñada para ayudarlo a interrogar la estructura tridimensional de macromoléculas biológicas como se encuentra en el Banco de Datos de proteínas (PDB) utilizando herramientas de consulta y visualización como las que se muestran arriba. Principales características: científico: Encuentre estructuras basadas en búsquedas de texto y secuencias (desajustes permitidos). Alineación de secuencia de una secuencia de registro contra múltiples secuencias de destino de acuerdo con el método de necesidad y Wunsch (JMB 48 (3): 443-453, 1970). Superposición de la estructura usando posiciones de calpha según el método de Hendrickson (Acta Crysta35: 158-163, 1979. Asignaciones de estructura secundaria según el método de Kabsch y Sander. Análisis de perfil de propiedad de aminoácidos, ambos estáticos y dinámicos: estática de acuerdo con los valores compilados por BOGARDTT et al.; La exposición media dinámica, media según Lee y Richards (JMB 55: 379-400, 1971) y los factores de FACTORES experimentales B para una cadena de polipéptidos única o perfiles de diferencia para dos cadenas de polipéptidos alineados pueden examinarse. Contacto Análisis del mapa en diferentes distancias de corte y con diferentes grupos átomos en estructuras de contacto o estructuras superpuestas (mapas de contacto de diferencia) se pueden examinar. Visualización y representación típica de 3-D, incluidas las opciones para mostrar o resaltar subestructuras, representación de CPK, estéreo y superficies simples (color basado en la distancia del usuario). Cálculo de la geometría (longitudes de los enlaces, ángulos de enlace, ángulos de dihedral, cierre de contactos no enlaces) que incluyen representación gráfica y desviaciones de distancias de moléculas pequeñas. Computación: Compresión de datos: aproximadamente una reducción de 20 veces en el almacenamiento a través de la distribución de archivos ASCII de PDB, pero con: (i) información bibliográfica limitada a los registros del autor y JRNL; (ii) opcionalmente, los primeros o todos los miembros de un conjunto de NMR o estructuras modelo incluidas; (iii) solo la primera conformación alternativa como se define en el archivo PDB para partes de una estructura de cristal con ocupaciones parciales; (iv) coordenadas atómicas redondeadas a 2 y no 3 lugares decimales; (v) No PDB Declare Records. Pantalla interoperable Objetos: cuando se selecciona una característica en un objeto de pantalla (mapa de contacto de E.GA), todos los demás objetos de visualización visibles (Viewer E.G3-D) y los invocados posteriormente también se actualizan para ilustrar esa característica . Acceso directo a Raswin el popular programa de exhibición molecular. Documentación impresa sincronizada y ayuda sensible al contexto creado utilizando el paquete DOCTHELP.

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